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- PDB-7ak0: Human MALT1(329-729) in complex with a chromane urea containing i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ak0
タイトルHuman MALT1(329-729) in complex with a chromane urea containing inhibitor
要素Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex / allosteric inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / Activation of NF-kappaB in B cells / defense response / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / fibrillar center / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RJK / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.316 Å
データ登録者Renatus, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent, Highly Selective, and In Vivo Efficacious, Allosteric MALT1 Inhibitors by Iterative Scaffold Morphing.
著者: Pissot Soldermann, C. / Simic, O. / Renatus, M. / Erbel, P. / Melkko, S. / Wartmann, M. / Bigaud, M. / Weiss, A. / McSheehy, P. / Endres, R. / Santos, P. / Blank, J. / Schuffenhauer, A. / ...著者: Pissot Soldermann, C. / Simic, O. / Renatus, M. / Erbel, P. / Melkko, S. / Wartmann, M. / Bigaud, M. / Weiss, A. / McSheehy, P. / Endres, R. / Santos, P. / Blank, J. / Schuffenhauer, A. / Bold, G. / Buschmann, N. / Zoller, T. / Altmann, E. / Manley, P.W. / Dix, I. / Buchdunger, E. / Scesa, J. / Quancard, J. / Schlapbach, A. / Bornancin, F. / Radimerski, T. / Regnier, C.H.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3124
ポリマ－91,3592
非ポリマー9542
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.25, 104.824, 73.284
Angle α, β, γ (deg.)90, 111.14, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 45679.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-RJK / 1-[4-[4-(aminomethyl)pyrazol-1-yl]-3-chloranyl-phenyl]-3-[(3~{R})-6-bromanyl-3,4-dihydro-2~{H}-chromen-3-yl]urea


分子量: 476.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19BrClN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.3 M Magnesium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.316→68.354 Å / Num. obs: 35677 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 122789
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.316-2.3243.70.51415914270.8590.3090.6012.198.2
10.737-68.3543.50.02113843980.9990.0130.02515.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3v55

3v55


解像度: 2.316→68.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1814 -RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.184 35677 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.7503 Å20 Å2-0.9529 Å2
2---0.3201 Å20 Å2
3---11.0703 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.316→68.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5701 0 58 268 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085865HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.987926HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2075SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes977HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5865HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd10SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion743SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4103SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.94
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.33 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 35 -
Rwork0.1926 --
obs0.1973 714 96.14 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0662-0.07960.52560.6010.17552.3589-0.0738-0.0692-0.047-0.0692-0.00540.03-0.0470.030.0793-0.0338-0.00460.0184-0.08230.0103-0.06764.45695.697127.0997
20.34270.01140.37261.4583-1.79483.30960.0565-0.18510.2822-0.1851-0.03850.00060.28220.0006-0.018-0.01310.00670.0304-0.09420.0042-0.067913.4141-13.001278.1227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A337 - 722
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B336 - 718

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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