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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hlc | ||||||
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タイトル | Sulfonylpiperidines as Novel, Antibacterial Inhibitors of Gram-Positive Thymidylate Kinase (TMK): Compound 5 | ||||||
要素 | Thymidylate kinase | ||||||
キーワード | transferase/transferase inhibitor / TMK / kinase / thymidylate kinase / MRSA / pipiridine / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Boriack-Sjodin, A. / Olivier, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013 タイトル: Sulfonylpiperidines as novel, antibacterial inhibitors of Gram-positive thymidylate kinase (TMK). 著者: Martinez-Botella, G. / Loch, J.T. / Green, O.M. / Kawatkar, S.P. / Olivier, N.B. / Boriack-Sjodin, P.A. / Keating, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hlc.cif.gz | 99.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hlc.ent.gz | 76.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hlc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/4hlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/4hlc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23454.586 Da / 分子数: 2 / 断片: TMK / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: SAR0483, tmk / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon + / 参照: UniProt: Q6GJI9, dTMP kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: To obtain the inhibitor bound crystal form of TMK-S.aureus crystals were initially grown in the absence of compound using the sitting drop method at 293 K with a reservoir solution of 100 mM ...詳細: To obtain the inhibitor bound crystal form of TMK-S.aureus crystals were initially grown in the absence of compound using the sitting drop method at 293 K with a reservoir solution of 100 mM PCPT (propionate-cacodylate-bistris propane buffer) pH 7-8, 21-24% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl using 1:1 protein:reservoir solution with the protein solution at 13 mg/mL. Crystals were harvested and soaked overnight in a solution containing 100 mM PCPT, 35% PEG 3350, 200 mM Mg2Cl and 1-2 mM TK-666 from a 100 mM DMSO stock. After soaking the crystals were cryoprotected by soaking for 15 minutes in compound-soak solution supplemented with 20% ethylene glycol. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→42 Å / Num. all: 56013 / Num. obs: 55957 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in-house apo-state coordinates 解像度: 1.55→41.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9329 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: Data reduction was accomplished by employing the AutoPROC toolbox and the structure determined by molecular replacement with AMoRE using an apo-state model of S. aureus TMK. COOT was used to ...詳細: Data reduction was accomplished by employing the AutoPROC toolbox and the structure determined by molecular replacement with AMoRE using an apo-state model of S. aureus TMK. COOT was used to inspect the model and electron density and BUSTER or REFMAC were used for macromolecular refinement calculations. Geometry of the model was analyzed with MolProbity and stereochemistry of the compound analyzed with MOGUL.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.175 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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