PDB-4hbw: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hbw

タイトル

Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a quinazoline ligand

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING/INHIBITOR / BROMODOMAIN / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / CELL CYCLE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Qi, J. / Felletar, I. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Fish, P.V. / Bunnage, M.E. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Identification of a Chemical Probe for Bromo and Extra C-Terminal Bromodomain Inhibition through Optimization of a Fragment-Derived Hit.
著者: Fish, P.V. / Filippakopoulos, P. / Bish, G. / Brennan, P.E. / Bunnage, M.E. / Cook, A.S. / Federov, O. / Gerstenberger, B.S. / Jones, H. / Knapp, S. / Marsden, B. / Nocka, K. / Owen, D.R. / ...

履歴

登録	2012年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hbw.cif.gz	73 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hbw.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e96C 4hbvC 4hbxC 4hbyC 2ossS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uwx-d 4ioq-d 6jj6-d 4wiv-d 4nue-d 4gpj-d 6czv-d 5luu-d 4hby-d 4pci-d 5ti6-d 4men-d 5m39-2 5z5t-d 4xy9-d 6q3y-2 5ku3-d 6prt-d 6yin-d 4hxl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.650, 46.020, 77.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15100.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-14Z / N-ethyl-3-methyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-sulfonamide 分子量: 269.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₃O₃S
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.20M K3(cit), 0.1M BTProp pH 8.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.5 % / Av σ(I) over netI: 4.6 / 数: 69901 / R_sym value: 0.097 / D res high: 1.685 Å / D res low: 29.599 Å / Num. obs: 15402 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.33	29.6	99.5	1	0.071	0.071	4.1
3.77	5.33	100	1	0.069	0.069	4.5
3.08	3.77	100	1	0.077	0.077	4.6
2.66	3.08	100	1	0.084	0.084	4.7
2.38	2.66	100	1	0.098	0.098	4.6
2.18	2.38	100	1	0.117	0.117	4.6
2.01	2.18	100	1	0.152	0.152	4.6
1.88	2.01	100	1	0.226	0.226	4.6
1.78	1.88	100	1	0.346	0.346	4.5
1.68	1.78	100	1	0.592	0.592	4.3

反射

解像度: 1.685→29.6 Å / Num. all: 15402 / Num. obs: 15402 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.68-1.78	4.3	0.592	1.3	9518	2189	0.592	100
1.78-1.88	4.5	0.346	2.2	9385	2076	0.346	100
1.88-2.01	4.6	0.226	3.2	9045	1985	0.226	100
2.01-2.18	4.6	0.152	4.6	8431	1839	0.152	100
2.18-2.38	4.6	0.117	5.8	7797	1687	0.117	100
2.38-2.66	4.6	0.098	6.8	7260	1564	0.098	100
2.66-3.08	4.7	0.084	7.3	6428	1379	0.084	100
3.08-3.77	4.6	0.077	7.4	5448	1178	0.077	100
3.77-5.33	4.5	0.069	8	4287	943	0.069	100
5.33-29.599	4.1	0.071	6	2302	562	0.071	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 55.04 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.6 Å
Translation	2.5 Å	29.6 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OSS

2oss

解像度: 1.69→29.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.2309 / WR_factor R_work: 0.1754 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8781 / SU B: 3.869 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.109 / SU R_free: 0.1153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2283	767	5 %	RANDOM
R_work	0.1744	-	-	-
all	0.1769	15359	-	-
obs	0.1769	15356	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.59 Å² / B_iso mean: 20.7642 Å² / B_iso min: 4.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1047	0	23	170	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.988	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3.002	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.168	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.999	26.364	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.805	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.497	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.333	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.572	3	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.909	3	246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.919	5	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.206	8	473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.243	11	457

LS精密化シェル

解像度: 1.685→1.729 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.552	52	-
R_work	0.479	1059	-
all	-	1111	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1293	0.0468	0.1185	0.5015	-0.0426	0.9514	-0.0008	-0.032	-0.0023	0.1275	-0.0575	0.0562	0.0063	-0.0292	0.0584	0.0972	0.0003	-0.0016	0.0493	-0.0094	0.0252	29.6924	27.0822	18.8967
2	0.0918	0.0903	0.1471	0.3376	0.1562	0.4102	-0.0017	-0.0131	-0.0298	-0.0118	-0.0408	0.0665	-0.039	-0.017	0.0425	0.069	-0.0008	-0.0069	0.0555	-0.0092	0.0497	27.9716	22.9177	8.2055
3	-0.4352	-0.7452	-0.4424	1.5283	3.5451	3.3283	0.0042	-0.021	0.0217	-0.1806	0.1002	-0.1164	-0.2025	0.1705	-0.1044	0.0994	-0.0179	-0.0031	0.0757	0.0152	0.079	34.2636	32.0766	11.1718
4	0.092	-0.0606	0.1149	1.011	0.0173	0.0995	-0.0854	0.0362	0.0096	-0.0258	0.0382	0.0748	-0.0542	0.06	0.0472	0.0905	-0.0069	-0.0172	0.0569	0.0121	0.0467	31.4741	30.3657	0.597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	131 - 168

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関連情報:EMDBヘッダ

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