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- PDB-4h7u: Crystal structure of pyranose dehydrogenase from Agaricus meleagr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h7u
タイトルCrystal structure of pyranose dehydrogenase from Agaricus meleagris, wildtype
要素Pyranose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / pyranose dehydrogenase / flavin adduct / GMC-oxidoreductase family / glycoprotein / Rossmann fold/FAD-linked reductases/Alpha and beta proteins (a+b) / FAD binding / Flavin C(4a) oxygen adduct / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pyranose dehydrogenase (acceptor) / pyranose dehydrogenase (acceptor) activity / flavin adenine dinucleotide binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FED / PHOSPHATE ION / Pyranose dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Leucoagaricus meleagris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tan, T.C. / Spadiut, O. / Divne, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The 1.6 A crystal structure of pyranose dehydrogenase from Agaricus meleagris rationalizes substrate specificity and reveals a flavin intermediate.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Wongnate, T. / Sucharitakul, J. / Krondorfer, I. / Sygmund, C. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Peterbauer, C.K. / Divne, C.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyranose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2935
ポリマ－64,7491
非ポリマー1,5444
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.938, 74.640, 139.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyranose dehydrogenase


分子量: 64748.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leucoagaricus meleagris (菌類) / 遺伝子: pdh1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): CBS 7435 / 参照: UniProt: Q3L245, pyranose dehydrogenase (acceptor)

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 540分子

#3: 化合物 ChemComp-FED / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(4aR)-4a-hydroxy-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4,4a,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)


分子量: 803.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O16P2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM KH2PO4, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, 20% (w/v) polyethylene glycol 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.90772 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bent Si (220) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.7 Å / Num. all: 72035 / Num. obs: 72035 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 11811 / Rsym value: 0.841 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JBV

2jbv


解像度: 1.6→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.318 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20116 2177 3 %RANDOM
Rwork0.17081 ---
all0.17176 69857 --
obs0.17176 69857 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.481 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4375 0 101 538 5014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.024585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.9816258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.63237348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6695576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08924.789190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92615703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2571519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02888
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.686 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 263 -
Rwork0.23 9490 -
obs-9490 99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68850.19180.12421.39310.58571.6221-0.04950.09420.0193-0.2209-0.01450.1056-0.2147-0.15530.0640.07740.0233-0.02750.0444-0.00010.014-0.366837.6722-2.9097
25.89451.07411.1894.1802-0.78296.83920.05390.4307-0.1854-0.3754-0.0940.23440.1559-0.23010.04010.04670.0111-0.00950.0648-0.04690.061-2.579221.40413.9815
30.779-0.22360.06280.28380.14910.36880.02920.0818-0.1039-0.0607-0.01750.00650.01840.0184-0.01170.0291-0.00410.00490.0331-0.00560.037313.488424.616512.9242
40.49630.04880.01850.48090.1240.5189-0.0073-0.06240.04270.0292-0.01290.0568-0.1014-0.07370.02020.03760.01210.0080.0485-0.01410.03993.350837.972128.1152
50.9713-0.01020.10040.52690.29780.9134-0.03070.2078-0.0213-0.16330.0378-0.0634-0.15220.0971-0.00720.0948-0.01710.00530.0551-0.00750.014613.251235.7605-6.1388
60.5366-0.0084-0.16180.32320.01460.5984-0.0247-0.0212-0.0514-0.02330.01340.00310.04180.02810.01120.032-0.00390.00050.041-0.00110.046314.12323.91923.8614
70.51740.1369-0.14090.67760.00990.8607-0.0105-0.1151-0.08020.07090.017-0.07780.04710.1235-0.00650.02040.0115-0.00630.0861-0.00150.053722.676225.017429.4581
80.7750.1402-0.29670.892-0.34421.5226-0.00860.05570.1066-0.13330.0153-0.007-0.24630.0095-0.00670.1104-0.0143-0.0010.0216-0.00050.038113.251644.82527.9671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3A67 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4A113 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5A227 - 312
6X-RAY DIFFRACTION6A313 - 453
7X-RAY DIFFRACTION7A454 - 524
8X-RAY DIFFRACTION8A525 - 577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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