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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h4b | ||||||
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タイトル | Human cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with Anthraquinone-2,6- disulfonic acid | ||||||
![]() | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIGH KM 5-PRIME NUCLEOTIDASE / cN-II / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / IMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rhimi, M. / Aghajari, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification and characterization of inhibitors of cytoplasmic 5'-nucleotidase cN-II issued from virtual screening. 著者: Jordheim, L.P. / Marton, Z. / Rhimi, M. / Cros-Perrial, E. / Lionne, C. / Peyrottes, S. / Dumontet, C. / Aghajari, N. / Chaloin, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 737 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 741.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2j2cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 64088.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 66分子 ![](data/chem/img/11H.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-11H / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: magnesium sulphate and Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979696 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→90.9 Å / Num. all: 16880 / Num. obs: 16022 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2J2C 解像度: 2.9→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 32.255 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 1.971 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.302 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.0048 Å / Origin y: 24.6682 Å / Origin z: 45.9782 Å
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