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- PDB-4gqj: Complex of a binuclear Ruthenium compound D,D-([mu-(11,11')-bi(dp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqj
タイトルComplex of a binuclear Ruthenium compound D,D-([mu-(11,11')-bi(dppz)-(1,10-phenanthroline)4-Ru2]4+) bound to d(CGTACG)
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / DNA recognition / DNA binsinf
機能・相同性Chem-RR2 / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.951 Å
データ登録者Boer, D.R. / Coll, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Thread Insertion of a Bis(dipyridophenazine) Diruthenium Complex into the DNA Double Helix by the Extrusion of AT Base Pairs and Cross-Linking of DNA Duplexes.
著者: Boer, D.R. / Wu, L. / Lincoln, P. / Coll, M.
履歴
登録2012年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1043
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,4861
水28816
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2086
ポリマ－7,2374
非ポリマー2,9712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_545y+3/4,x-3/4,-z+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)85.429, 85.429, 85.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Acquired from biomers (Germany)
#2: 化合物 ChemComp-RR2 / (mu-11,11'-bidipyrido[3,2-a:2',3'-c]phenazine-1kappa~2~N~4~,N~5~:2kappa~2~N~4'~,N~5'~)[tetrakis(1,10-phenanthroline-kappa~2~N~1~,N~10~)]diruthenium


分子量: 1485.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C84H50N16Ru2 / 詳細: Synthesized by citation authors
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 詳細: Synthesized by citation authors

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: buffer: 0.2 M KCl 10 mM MgCl2 35% hexanediol 50 mM TRIS.HCl pH 8 drop composition: 0.5 ul 10 mM binuclear Ru compound 0.5 ul 10 mM [ssDNA] 5'-d(CGTACG)-3' 1 ul cryst. buffer 0.5 ul , VAPOR ...詳細: buffer: 0.2 M KCl 10 mM MgCl2 35% hexanediol 50 mM TRIS.HCl pH 8 drop composition: 0.5 ul 10 mM binuclear Ru compound 0.5 ul 10 mM [ssDNA] 5'-d(CGTACG)-3' 1 ul cryst. buffer 0.5 ul , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07205 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07205 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 2419 / Num. obs: 2419 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 73.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 343 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.951→38.205 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2065 104 4.34 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1786 2396 95.34 %-
all-2419 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.848 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.951→38.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 223 102 16 341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.982123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00717
LS精密化 シェル最高解像度: 2.9511 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 104 -
Rwork0.1773 2292 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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