PDB-4gl5: Structure of human placental aromatase complexed with designed in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gl5

タイトル

Structure of human placental aromatase complexed with designed inhibitor HDDG029 (compound 4)

要素

Cytochrome P450 19A1

キーワード

Oxidoreductase/Oxidoreductase Inhibitor / Oxidoreductase / Estrogen synthetase / Cytochrome P450 reductase / ER membrane / Oxidoreductase-Oxidoreductase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatase / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / negative regulation of chronic inflammatory response / estrogen biosynthetic process / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.48 Å

データ登録者

Ghosh, D.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel aromatase inhibitors by structure-guided design.
著者: Ghosh, D. / Lo, J. / Morton, D. / Valette, D. / Xi, J. / Griswold, J. / Hubbell, S. / Egbuta, C. / Jiang, W. / An, J. / Davies, H.M.

履歴

登録	2012年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月19日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gl5.cif.gz	105.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gl5.ent.gz	80.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gl5_validation.pdf.gz	963.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gl5_full_validation.pdf.gz	977.3 KB	表示
XML形式データ	4gl5_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	4gl5_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4gl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4gl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s79C 3s7sC 4gl7C 3eqm C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s7s-d 3s79-d 3eqm-d 5jl9-d 4gl7-d 5jl6-d 5jkv-d 5jl7-d 5jkw-d 6l8h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 19A1

ヘテロ分子

58.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.329, 140.329, 118.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cytochrome P450 19A1 / Aromatase / CYPXIX / Cytochrome P-450AROM / Estrogen synthase 分子量: 57954.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11511, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-G29 / (6alpha,8alpha)-6-(but-2-yn-1-yloxy)androsta-1,4-diene-3,17-dione 分子量: 352.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₈O₃

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: The enzyme-inhibitor complexes were prepared by the addition from 20mM stock solutions of compound 4 in PEG550 to 18 M (~1mg/ml) of aromatase, to give a final inhibitor concentration of 300 ...詳細: The enzyme-inhibitor complexes were prepared by the addition from 20mM stock solutions of compound 4 in PEG550 to 18 M (~1mg/ml) of aromatase, to give a final inhibitor concentration of 300 uM. The mixture was incubated overnight at 4 C in 100mM potassium phosphate buffer pH 7.4 containing 20% glycerol, 20mM dithiothreitol, 0.5 M ASD and 1mM BDM. The complex was then concentrated to 25-30mg/ml using ultrafiltration. Protein was setup for crystallization using protein to cocktail ratios 2:1 and 3:1. The protein was mixed with reservoir cocktails of 24-30% polyethylene glycol 4000 in 50mM NaCl, 50mM Tris, pH 8.5 and vapor diffused in sealed 24-well sitting drop plates against corresponding reservoir solution., VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 5.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.88 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: The enzyme-inhibitor complexes were prepared by the addition from 20mM stock solutions of compound 4 in PEG550 to 18 M (~1mg/ml) of aromatase, to give a final inhibitor concentration of 300 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.48→121.53 Å / Num. all: 17289 / Num. obs: 17289 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.154 / R_sym value: 0.154 / Net I/σ(I): 14.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.48→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 21.02 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.368 / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26036	832	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21023	-	-	-
obs	0.21277	15300	91.19 %	-
all	-	17289	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.221 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.91 Å²	1.45 Å²	-0 Å²
2-	-	2.91 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.48→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3658	0	69	0	3727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	2.015	5162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.224	5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.139	23.576	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.448	15	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.196	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.488	1.5	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.925	2	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.879	3	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.596	4.5	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.48→3.571 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	59	-
R_work	0.289	1151	-
obs	-	-	94.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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