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Yorodumi- PDB-4gkh: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gkh | ||||||
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Title | Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor 1-NA-PP1 | ||||||
Components | Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PYRAZOLOPYRIMIDINE / 1-NA-PP1 / BUMPED KINASE INHIBITOR / BKI / PROTEIN KINASE INHIBITOR / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR | ||||||
Function / homology | Function and homology information kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.863 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Todorovic, N. / Capretta, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2013 Title: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance. Authors: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gkh.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gkh.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gkh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4gkh_validation.pdf.gz | 8.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4gkh_full_validation.pdf.gz | 8.3 MB | Display | |
Data in XML | 4gkh_validation.xml.gz | 150.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4gkh_validation.cif.gz | 211.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/4gkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/4gkh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ej7SC 4feuC 4fevC 4fewC 4fexC 4gkiC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 31350.404 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Strain: AYE / Gene: ABAYE3578, APHA1-IAB / Plasmid: P15TV LIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase |
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-Non-polymers , 7 types, 2949 molecules
#2: Chemical | ChemComp-KAN / #3: Chemical | ChemComp-0J9 / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M SODIUM ACETATE pH 4.5, 7% PEG3350, 3% DMSO, 2 MM KANAMYCIN, 3 mM 1-NA-PP1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2012 |
Radiation | Monochromator: DIAMOND(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→80.87 Å / Num. obs: 275562 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.96 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4EJ7 Resolution: 1.863→54.779 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.863→54.779 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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