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- PDB-4gkh: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gkh | ||||||
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Title | Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor 1-NA-PP1 | ||||||
![]() | Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PYRAZOLOPYRIMIDINE / 1-NA-PP1 / BUMPED KINASE INHIBITOR / BKI / PROTEIN KINASE INHIBITOR / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR | ||||||
Function / homology | ![]() kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Todorovic, N. / Capretta, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance. Authors: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 8.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 150.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 211.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ej7SC ![]() 4feuC ![]() 4fevC ![]() 4fewC ![]() 4fexC ![]() 4gkiC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 31350.404 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 2949 molecules ![](data/chem/img/KAN.gif)
![](data/chem/img/0J9.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-KAN / #3: Chemical | ChemComp-0J9 / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M SODIUM ACETATE pH 4.5, 7% PEG3350, 3% DMSO, 2 MM KANAMYCIN, 3 mM 1-NA-PP1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2012 |
Radiation | Monochromator: DIAMOND(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→80.87 Å / Num. obs: 275562 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.96 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4EJ7 Resolution: 1.863→54.779 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.863→54.779 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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