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万見
- PDB-4g35: Mcl-1 in complex with a biphenyl cross-linked Noxa peptide. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g35
タイトルMcl-1 in complex with a biphenyl cross-linked Noxa peptide.
要素
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
  • Noxa BH3 peptide (cysteine-mediated cross-linked)
キーワードApoptosis/Inhibitor / APOPTOSIS / BH3 domain / Bcl-2 family / Apoptosis-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / cell differentiation / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Noxa BH3 peptide (cysteine-mediated cross-linked) / 4,4'-bis(bromomethyl)biphenyl / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Drake, E. / Edwardraja, S. / Lin, Q. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Rational design of proteolytically stable, cell-permeable peptide-based selective Mcl-1 inhibitors.
著者: Muppidi, A. / Doi, K. / Edwardraja, S. / Drake, E.J. / Gulick, A.M. / Wang, H.G. / Lin, Q.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Derived calculations
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
B: Noxa BH3 peptide (cysteine-mediated cross-linked)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1593
ポリマ－20,8192
非ポリマー3401
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.040, 47.970, 68.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Bcl-2-related protein EAT/mcl1


分子量: 18634.074 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 152-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mcl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97287
#2: タンパク質・ペプチド Noxa BH3 peptide (cysteine-mediated cross-linked)


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗がん剤 / 分子量: 2184.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Construct / 参照: Noxa BH3 peptide (cysteine-mediated cross-linked)
#3: 化合物 ChemComp-4BP / 4,4'-bis(bromomethyl)biphenyl / 4,4′-ビス(ブロモメチル)ビフェニル


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗がん剤 / 分子量: 340.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12Br2 / 参照: Noxa BH3 peptide (cysteine-mediated cross-linked)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% Peg 8000, 225 mM CaCl2, 2% Ethylene Glycol,50 mM Epps (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.31 Å / Num. all: 9850 / Num. obs: 9801 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.194 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23879 468 4.8 %RANDOM
Rwork0.19171 ---
all0.1972 9357 --
obs0.19389 9295 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1202 0 14 39 1255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.9591663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0015142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48622.06363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30315217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2181.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.36221169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7913506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2584.5494
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 39 -
Rwork0.202 652 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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