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- PDB-4g2y: Crystal structure of PDE5A complexed with its inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g2y
タイトルCrystal structure of PDE5A complexed with its inhibitor
要素cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / phosphodiesterase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / relaxation of cardiac muscle / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects ...positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / relaxation of cardiac muscle / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / Smooth Muscle Contraction / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / cAMP-mediated signaling / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NI5 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ren, J. / Chen, T.T. / Xu, Y.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design, synthesis, and pharmacological evaluation of monocyclic pyrimidinones as novel inhibitors of PDE5.
著者: Wang, G. / Liu, Z. / Chen, T.T. / Wang, Z. / Yang, H. / Zheng, M. / Ren, J. / Tian, G. / Yang, X. / Li, L. / Li, J. / Suo, J. / Zhang, R. / Jiang, X. / Terrett, N.K. / Shen, J. / Xu, Y.C. / Jiang, H.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7195
ポリマ－40,0911
非ポリマー6284
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.790, 74.790, 132.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE


分子量: 40091.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 535-860 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5, PDE5A / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76074

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非ポリマー , 5種, 71分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NI5 / 2-{5-[(4-methylpiperazin-1-yl)sulfonyl]-2-propoxyphenyl}-3,5,6,7-tetrahydro-4H-cyclopenta[d]pyrimidin-4-one


分子量: 432.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N4O4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgSO4, 100mM Tris-HCl, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.38 Å / Num. all: 32552 / Num. obs: 32512 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.913 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 10.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.460.950.4324.2114010242724270.475100
2.46-2.530.9310.4164.6113445234723470.458100
2.53-2.60.9540.3135.513214228122810.344100
2.6-2.680.960.2826.4412743223522350.31100
2.68-2.770.9670.2427.4712477216421640.266100
2.77-2.870.9730.2077.9911827205520550.227100
2.87-2.980.980.1719.0311484198619860.188100
2.98-3.10.9830.169.7411323195719570.176100
3.1-3.240.9850.13511.6810554184518450.149100
3.24-3.390.9890.12112.6810050177917780.13499.9
3.39-3.580.9850.11314.029153165416540.125100
3.58-3.790.9890.10314.668713159415940.114100
3.79-4.060.9910.09815.287987147714750.10899.9
4.06-4.380.990.08816.367703140314030.097100
4.38-4.80.990.08616.976954127012690.09599.9
4.8-5.370.9910.08616.666345117011700.095100
5.37-6.20.9910.08716.355495101510140.09699.9
6.2-7.590.9920.08316.9446828608590.09299.9
7.59-10.730.9920.0717.7235256736590.07897.9
10.730.9820.07916.7916523603400.08894.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8673 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 977 3.01 %Random
Rwork0.1818 ---
obs0.1828 32511 99.89 %-
all-32552 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.248 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.44 Å2 / Biso mean: 41.6652 Å2 / Biso min: 19.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7195 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.7195 Å20 Å2
3----3.4389 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 39 67 2458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0613292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.576906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.52650.27691430.229145034646100
2.5265-2.68480.26221440.211845364680100
2.6848-2.89210.21131410.199645084649100
2.8921-3.1830.27821370.194445014638100
3.183-3.64350.17991390.171244884627100
3.6435-4.58980.18341350.153445144649100
4.5898-46.38880.2111380.18284484462299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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