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万見
- PDB-4fzb: Structure of thymidylate synthase ThyX complexed to a new inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fzb
タイトルStructure of thymidylate synthase ThyX complexed to a new inhibitor
要素Probable thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Homotetramer / FAD-dependent Thymidylate synthase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3070 / Gyrase A; domain 2 - #170 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Gyrase A; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3070 / Gyrase A; domain 2 - #170 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Gyrase A; domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0VJ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Probable flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Basta, T. / Boum, Y. / Briffotaux, J. / Becker, H.F. / Lamarre-Jouenne, I. / Lambry, J.C. / Skouloubris, S. / Liebl, U. / van Tilbeurgh, H. / Graille, M. / Myllylkallio, H.
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2012
タイトル: Mechanistic and structural basis for inhibition of thymidylate synthase ThyX.
著者: Basta, T. / Boum, Y. / Briffotaux, J. / Becker, H.F. / Lamarre-Jouenne, I. / Lambry, J.C. / Skouloubris, S. / Liebl, U. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Myllykallio, H.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Data collection
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable thymidylate synthase
B: Probable thymidylate synthase
C: Probable thymidylate synthase
D: Probable thymidylate synthase
E: Probable thymidylate synthase
F: Probable thymidylate synthase
G: Probable thymidylate synthase
H: Probable thymidylate synthase
I: Probable thymidylate synthase
J: Probable thymidylate synthase
K: Probable thymidylate synthase
L: Probable thymidylate synthase
M: Probable thymidylate synthase
N: Probable thymidylate synthase
O: Probable thymidylate synthase
P: Probable thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,69761
ポリマ－419,40416
非ポリマー18,29345
水1,65792
1
A: Probable thymidylate synthase
B: Probable thymidylate synthase
C: Probable thymidylate synthase
D: Probable thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,48316
ポリマ－104,8514
非ポリマー4,63212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23510 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area30180 Å2
手法PISA
2
E: Probable thymidylate synthase
F: Probable thymidylate synthase
G: Probable thymidylate synthase
H: Probable thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,48316
ポリマ－104,8514
非ポリマー4,63212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23320 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
3
I: Probable thymidylate synthase
J: Probable thymidylate synthase
K: Probable thymidylate synthase
L: Probable thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,32714
ポリマ－104,8514
非ポリマー4,47610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22500 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area29560 Å2
手法PISA
4
M: Probable thymidylate synthase
N: Probable thymidylate synthase
O: Probable thymidylate synthase
P: Probable thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,40515
ポリマ－104,8514
非ポリマー4,55411
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22950 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.975, 120.585, 128.249
Angle α, β, γ (deg.)111.65, 91.13, 90.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Probable thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 26212.752 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
株: Paramecium bursaria chlorella virus (PBCV-1) / 遺伝子: A674R, ThyX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O41156, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-0VJ / 2-hydroxy-3-(4-methoxybenzyl)naphthalene-1,4-dione


分子量: 294.301 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14O4
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 5000 MME, 12% isopropanol, 12% DMSO, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
PH範囲: 6,5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→35 Å / Num. all: 120946 / Num. obs: 111996 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.25 % / Biso Wilson estimate: 61.94 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.59→2.75 Å / 冗長度: 2.25 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CFA

2cfa


解像度: 2.59→34.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9172 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8805 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 5633 5.03 %RANDOM
Rwork0.2106 ---
all0.2132 120946 --
obs0.2132 111995 --
原子変位パラメータBiso mean: 53.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7276 Å20.516 Å21.5743 Å2
2--11.5469 Å23.2882 Å2
3----5.8193 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.385 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25151 0 1252 92 26495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0127095HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1936828HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9470SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes924HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4094HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it27095HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.18
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion144HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3493SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31471SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 381 5.05 %
Rwork0.2316 7166 -
all0.2344 7547 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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