PDB-4fqt: Structure of AgamOBP1 Bound to 6-methyl-5-hepten-2-one

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fqt

タイトル

Structure of AgamOBP1 Bound to 6-methyl-5-hepten-2-one

要素

Anopheles Gambiae Odorant Binding protein 1

キーワード

Odorant-Binding Protein / Odorant Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stimulus / odorant binding / sensory perception of smell
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Murphy, E.J. / Booth, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Interactions of Anopheles gambiae Odorant-binding Proteins with a Human-derived Repellent: IMPLICATIONS FOR THE MODE OF ACTION OF N,N-DIETHYL-3-METHYLBENZAMIDE (DEET).
著者: Murphy, E.J. / Booth, J.C. / Davrazou, F. / Port, A.M. / Jones, D.N.

履歴

登録	2012年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.3	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fqt.cif.gz	163.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fqt.ent.gz	133.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ogn-1 4i4y-3 4i4y-5 1dk7-1 4i4p-3 4nwy-2 5wq0-5 5i4c-d 4i4r-4 4i4r-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anopheles Gambiae Odorant Binding protein 1

B: Anopheles Gambiae Odorant Binding protein 1

ヘテロ分子

29.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anopheles Gambiae Odorant Binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Anopheles Gambiae Odorant Binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.769, 68.993, 64.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Anopheles Gambiae Odorant Binding protein 1 / Odorant-binding protein AgamOBP1 分子量: 14547.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 株: PEST 遺伝子: AgamOBP1, AgaP_AGAP003309, agCG48275, OBP17, OBPjj83b AgaP_AGAP010409 プラスミド: Pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I8T0
#2: 化合物	ChemComp-0VT / 6-methylhept-5-en-2-one / 6-methyl-5-hepten-2-one / 6-メチル-5-ヘプテン-2-オン分子量: 126.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄O
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.17 % / 数: 84462 / R_merge(I) obs: 0.151 / Χ²: 1 / D res high: 1.57 Å / D res low: 46.26 Å / Num. obs: 26439 / % possible obs: 68.4

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
3.38	46.26	99.3	0.074	0.92	3.74	235
2.69	3.38	99.7	0.101	0.9	3.79	170
2.35	2.69	100	0.187	0.99	3.79	42
2.13	2.35	100	0.319	1.06	3.75	71
1.98	2.13	96.1	0.615	1.18	2.94	92
1.86	1.98	76.9	0.616	1	2.22	17
1.77	1.86	53.7	0.699	0.93	2	3
1.69	1.77	34.3	0.651	0.94	1.82	3
1.63	1.69	17.9	0.642	1.19	1.56	1
1.57	1.63	3.8	0.75	2.62	1.16

反射

解像度: 1.57→46.26 Å / Num. obs: 26439 / % possible obs: 68.4 % / 冗長度: 3.17 % / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 4.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.57-1.63	1.16	0.75	0.3	1	3.8
1.63-1.69	1.56	0.642	0.4	1	17.9
1.69-1.77	1.82	0.651	0.4	1	34.3
1.77-1.86	2	0.699	0.5	1	53.7
1.86-1.98	2.22	0.616	0.7	1	76.9
1.98-2.13	2.94	0.615	1	1	96.1
2.13-2.35	3.75	0.319	2.1	1	100
2.35-2.69	3.79	0.187	4	1	100
2.69-3.38	3.79	0.101	7	1	99.7
3.38-46.26	3.74	0.074	11.4	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	46.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.7L	データスケーリング
d*TREK	9.7L	データ削減
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→31.697 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	717	5.1 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.1877	14069	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.2783 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	44	178	2254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.413	2939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.038	849
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.3699	0.3682	120	0.2984	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3699-2.6083	0.2886	144	0.1936	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.9855	0.218	140	0.1971	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9855-3.7604	0.2514	160	0.1762	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7604-31.7006	0.1941	153	0.1515	2710	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1607	-2.2511	-1.2237	5.878	-1.1939	5.9028	0.0892	0.0458	-1.0649	-0.1029	-0.0419	-0.0938	0.2484	-0.2489	0.0986	0.215	-0.0465	-0.0091	0.176	-0.0159	0.2886	5.1317	-3.4411	24.911
2	6.079	1.7724	-0.7726	1.086	0.896	3.9765	0.4873	0.5409	-0.5115	0.1539	-0.012	-0.8853	0.6417	0.298	-0.4914	0.1958	0.0413	-0.0919	0.2678	-0.0751	0.2996	18.1781	2.315	25.2652
3	6.0299	-2.9574	-3.845	8.4233	0.2376	6.2666	-0.0507	-0.1848	-0.3158	0.6076	0.0614	-0.4138	-0.3724	0.8235	-0.0947	0.1734	-0.0978	-0.0624	0.304	0.0093	0.2516	17.7106	13.3481	34.0202
4	3.5733	2.6292	0.9031	3.1383	1.9183	5.2001	0.3798	-0.6587	-0.2173	1.1208	-0.3659	0.0433	0.5059	-0.7375	-0.2154	0.3469	-0.0188	-0.0083	0.197	0.0143	0.2366	2.9157	9.2975	35.4202
5	2.57	0.1635	-0.4678	2.0472	-0.3081	4.1692	0.2154	-0.0828	0.1965	0.0274	-0.0614	-0.1548	-0.8503	0.4734	-0.0941	0.277	-0.0472	0.0085	0.186	0.0096	0.2694	11.4243	19.6359	26.0586
6	3.6163	-2.2447	0.5155	2.9613	0.1608	3.0143	0.0379	0.2114	-0.11	-0.3194	-0.0072	0.0246	0.0569	-0.0328	0.0613	0.2931	-0.0027	0.0003	0.2195	-0.0164	0.1508	9.9408	7.2793	14.0392
7	2.0678	0.4838	0.4446	2.7476	-1.9773	3.1234	0.1861	-0.0933	0.1048	0.084	-0.2592	0.2042	-0.0908	-0.2218	0.022	0.2277	0.0028	0.0073	0.2099	-0.0203	0.1949	1.5029	14.1673	21.9201
8	3.831	-1.1289	0.0957	8.1657	0.8283	7.1536	-0.4414	0.0582	-0.7922	-0.7712	0.3489	-0.1722	0.7418	0.4195	0.038	0.3435	0.0355	0.0658	0.1858	-0.0076	0.2577	2.2056	4.2049	-11.5314
9	3.0595	0.8203	-0.428	3.4327	-3.5283	3.776	-0.0073	0.2193	-0.0608	-0.727	0.0616	1.2025	0.5272	-0.1712	-0.0585	0.2958	-0.0033	-0.025	0.1885	0.0075	0.337	-9.4823	19.0303	-11.3987
10	5.2099	-2.4786	1.2502	4.689	-0.9184	3.5892	-0.1088	0.5584	-0.2234	-1.1041	-0.0591	0.2546	0.5039	0.0811	0.0973	0.4875	-0.0183	0.0104	0.2273	-0.0079	0.1891	2.2792	20.6161	-17.2848
11	2.9563	2.5378	3.7916	3.6891	4.1916	5.4542	0.2233	0.8275	-0.0954	-0.3814	0.9018	-1.2364	0.5616	0.9662	-0.8411	0.4845	0.0479	0.1293	0.3673	-0.0478	0.4525	10.8098	19.7748	-14.234
12	1.6961	0.6542	0.1545	1.9246	-0.8408	3.7298	0.0435	-0.0361	0.1438	-0.0072	-0.0033	0.1175	-0.5125	-0.2244	-0.0655	0.2503	0.0179	-0.0208	0.1663	-0.0089	0.2437	-2.6419	26.1991	-2.8127
13	4.1282	2.6819	2.3115	1.9975	0.3817	7.4345	-0.0225	-0.5128	0.1472	0.2383	-0.1463	0.4163	0.4404	-0.3071	0.2245	0.2188	0.0594	0.0329	0.211	-0.0426	0.185	-4.84	14.6528	4.6267
14	4.0085	3.4753	2.3083	3.1028	1.7095	2.1808	0.3585	0.0375	-0.621	0.6164	0.1003	-0.2194	0.5638	-0.0308	-0.3287	0.4337	-0.0196	-0.0226	0.2037	0.0295	0.2591	0.2351	6.6886	1.7327
15	1.1264	-0.2008	0.1976	3.0325	1.0132	2.0871	0.0182	-0.0575	-0.0126	-0.3873	-0.0993	0.0452	-0.0908	0.2535	0.0696	0.3038	0.0021	0.0143	0.1966	0.0154	0.1961	7.0729	19.5302	-1.9301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 20 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 21 through 31 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 32 through 49 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 50 through 73 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 74 through 93 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 94 through 126 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 13 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 14 through 31 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 44 through 49 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 50 through 73 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 74 through 82 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 83 through 93 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 94 through 126 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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