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- PDB-4fdn: Mycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CT325 - hexagona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdn
タイトルMycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CT325 - hexagonal crystal form
要素oxidoreductase DprE1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ALPHA+BETA / OXIDOREDUCTASE / decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0T4 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Batt, S.M. / Besra, G.S. / Futterer, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of inhibition of Mycobacterium tuberculosis DprE1 by benzothiazinone inhibitors.
著者: Batt, S.M. / Jabeen, T. / Bhowruth, V. / Quill, L. / Lund, P.A. / Eggeling, L. / Alderwick, L.J. / Futterer, K. / Besra, G.S.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidoreductase DprE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5013
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,1102
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.700, 127.700, 64.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 oxidoreductase DprE1


分子量: 52391.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dprE1, MT3898, Rv3790 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P72056, UniProt: P9WJF1*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-0T4 / 3-(hydroxyamino)-N-[(1R)-1-phenylethyl]-5-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 324.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15F3N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 288 K / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium cacodylate 44% ethylene glycol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月9日 / 詳細: VARIMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.36 Å / Num. obs: 23678 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.565 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DPRE1 - MONOCLINIC CRYSTAL FORM

解像度: 2.4→28.75 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1218 5.16 %
Rwork0.182 --
obs0.184 23593 100 %
all-22379 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.56 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2166 Å20 Å20 Å2
2---2.2166 Å2-0 Å2
3---4.4332 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3141 0 76 147 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1584490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6821165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.49610.29961390.21922473X-RAY DIFFRACTION100
2.4961-2.60970.23341240.20772467X-RAY DIFFRACTION100
2.6097-2.74720.25511330.18172486X-RAY DIFFRACTION100
2.7472-2.91910.22521570.18422453X-RAY DIFFRACTION100
2.9191-3.14430.22741270.17932451X-RAY DIFFRACTION100
3.1443-3.46020.23151300.18442501X-RAY DIFFRACTION100
3.4602-3.95980.23841300.18922488X-RAY DIFFRACTION100
3.9598-4.98470.22131480.16042490X-RAY DIFFRACTION100
4.9847-28.75290.1861300.18082566X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.3609 Å / Origin y: 8.9376 Å / Origin z: 3.947 Å
111213212223313233
T0.2048 Å20.0055 Å2-0.0005 Å2-0.1451 Å2-0.0153 Å2--0.1443 Å2
L2.308 °2-0.5672 °2-0.0572 °2-1.4787 °2-0.0814 °2--1.2351 °2
S-0.02 Å °-0.1958 Å °0.25 Å °0.0883 Å °0.0241 Å °0.0276 Å °-0.1939 Å °-0.0819 Å °-0.0078 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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