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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f7c | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bovine CD1d with bound C12-di-sulfatide | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / protein-glycolipid complex / MHC-fold / Ig-fold / antigen presentation / TCR / membrane | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, J. / Zajonc, D.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Bovine CD1d Reveal Altered αGalCer Presentation and a Restricted A' Pocket Unable to Bind Long-Chain Glycolipids. 著者: Wang, J. / Guillaume, J. / Pauwels, N. / Van Calenbergh, S. / Van Rhijn, I. / Zajonc, D.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 32460.561 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 129-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: A1L565 #2: タンパク質 | 分子量: 11653.148 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01888 |
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-糖 , 3種, 4分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
-非ポリマー , 2種, 31分子 ![](data/chem/img/0SG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.24 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG3350, 200 mM sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.864→168.553 Å / Num. all: 27330 / Num. obs: 27330 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.864→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2683 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3L9R 解像度: 2.864→46.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.798 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.105 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.66 Å2 / Biso mean: 46.0834 Å2 / Biso min: 18.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.864→46.748 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.864→2.938 Å / Total num. of bins used: 20
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