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Yorodumi- PDB-4ezk: Potent and Selective Inhibitors of PI3K-delta: Obtaining Isoform ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ezk | ||||||
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Title | Potent and Selective Inhibitors of PI3K-delta: Obtaining Isoform Selectivity from the Affinity Pocket and Tryptophan Shelf | ||||||
Components | Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase p110 / p110-gamma / lipid kinase / cytoplasmic / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / mast cell degranulation / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / phosphorylation / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / ephrin receptor binding / neutrophil chemotaxis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / kinase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.803 Å | ||||||
Authors | Murray, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2012 Title: Potent and selective inhibitors of PI3K-delta: obtaining isoform selectivity from the affinity pocket and tryptophan shelf Authors: Sutherlin, D.P. / Baker, S. / Bisconte, A. / Blaney, P.M. / Brown, A. / Chan, B.K. / Chantry, D. / Castanedo, G. / DePledge, P. / Goldsmith, P. / Goldstein, D.M. / Hancox, T. / Kaur, J. / ...Authors: Sutherlin, D.P. / Baker, S. / Bisconte, A. / Blaney, P.M. / Brown, A. / Chan, B.K. / Chantry, D. / Castanedo, G. / DePledge, P. / Goldsmith, P. / Goldstein, D.M. / Hancox, T. / Kaur, J. / Knowles, D. / Kondru, R. / Lesnick, J. / Lucas, M.C. / Lewis, C. / Murray, J. / Nadin, A.J. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Pegg, N. / Price, S. / Reif, K. / Safina, B.S. / Salphati, L. / Staben, S. / Seward, E.M. / Shuttleworth, S. / Sohal, S. / Sweeney, Z.K. / Ultsch, M. / Waszkowycz, B. / Wei, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ezk.cif.gz | 194.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ezk.ent.gz | 152.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ezk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ezk_validation.pdf.gz | 729.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ezk_full_validation.pdf.gz | 754.3 KB | Display | |
Data in XML | 4ezk_validation.xml.gz | 32.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ezk_validation.cif.gz | 43.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ezjC 4ezlC 1e8xS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 110699.023 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 144-1102 / Mutation: K802T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PIK3CG / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: Chemical | ChemComp-0SD / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 3350, 0.2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→34.392 Å / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 85 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 22.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1E8X Resolution: 2.803→34.392 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 120.2513 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.803→34.392 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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