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- PDB-4elm: Crystal structure of the mouse CD1d-lysosulfatide-Hy19.3 TCR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4elm
タイトルCrystal structure of the mouse CD1d-lysosulfatide-Hy19.3 TCR complex
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2 microglobulin
  • Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
  • Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen presentation / glycolipid / NKT cells
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / lipid antigen binding / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / lipid antigen binding / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / regulation of membrane depolarization / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / cell adhesion molecule binding / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of iron ion transport / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron(III) ion / iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / transferrin transport / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / late endosome / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / antibacterial humoral response / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Chem-SGF / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Girardi, E. / Maricic, I. / Wang, J. / Mac, T.T. / Iyer, P. / Kumar, V. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Type II natural killer T cells use features of both innate-like and conventional T cells to recognize sulfatide self antigens.
著者: Girardi, E. / Maricic, I. / Wang, J. / Mac, T.T. / Iyer, P. / Kumar, V. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Non-polymer description
改定 1.32015年8月12日Group: Refinement description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2 microglobulin
D: Beta-2 microglobulin
E: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
F: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
G: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
H: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,63018
ポリマ－190,9928
非ポリマー3,63810
水00
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2 microglobulin
G: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
H: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1619
ポリマ－95,4964
非ポリマー1,6655
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area35840 Å2
手法PISA
2
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
D: Beta-2 microglobulin
E: Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)
F: Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4699
ポリマ－95,4964
非ポリマー1,9735
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.514, 126.996, 104.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.996656, 0.081685, 0.002243), (0.081468, 0.995395, -0.050514), (-0.006359, -0.050162, -0.998721)78.32824, -2.06952, 45.81529
詳細assembly of CD1d, beta-2m, lipid, NKT TCR alpha and beta chains

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1.1, CD1d, Cd1d1 / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2 microglobulin / Uncharacterized protein


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: B2m, beta-2-microglobulin, mCG_11606, RP23-34E24.5-001
プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q91XJ8, UniProt: P01887*PLUS
#3: タンパク質 Hy19.3 TCR alpha chain (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 23209.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Valpha1 (mouse variable domain, human constant domain
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 Hy19.3 TCR beta chain (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 27993.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Vbeta16 (mouse variable domain, human constant domain)
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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糖 , 3種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-SGF / (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranoside / Sphingosine-1-galactoside-3-sulfate / 1-O-(3-O-スルホ-β-D-ガラクトピラノシル)スフィンゴシン


分子量: 541.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H47NO10S
#9: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHOR INDICATES THIS IS A NATURE VARIANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 11% PEG4000, 4% tacsimate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→92.26 Å / Num. all: 31189 / Num. obs: 30877 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0104精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.48→92.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 63.833 / SU ML: 0.451 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.589 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26494 1541 5 %RANDOM
Rwork0.20877 ---
obs0.21163 29051 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å22.14 Å2
2--0.57 Å2-0 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.48→92.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11120 0 240 0 11360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02111702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1051.94316026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55251492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74224.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.387151399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3361536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.484→3.574 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 106 -
Rwork0.249 1818 -
obs--86.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59640.45030.36751.68382.47433.67330.19370.26640.1478-0.2177-0.19310.0067-0.3282-0.3027-0.00070.29760.13370.13420.32050.02750.27239.3701-30.8199-5.5928
26.74421.14462.89743.7938-0.27272.7888-0.0378-0.08870.8282-0.29050.1125-0.6807-0.98060.3182-0.07470.8098-0.22370.50840.3458-0.17590.574456.215-14.23288.5596
33.8235-0.2733-0.23860.7965-1.76494.1230.0106-0.00060.0991-0.0458-0.1242-0.05960.15810.29210.11360.1489-0.00590.00180.099-0.00520.250837.0391-29.486952.5528
47.6586-1.07953.72323.7991-0.11553.279-0.06860.29340.4518-0.0084-0.1030.1787-0.43010.17570.17160.2283-0.0067-0.00180.0229-0.01550.120821.5342-11.51938.0108
54.839-1.58151.26593.95-1.18143.93870.0705-0.10010.21110.01910.08440.01180.10580.469-0.15490.2565-0.0665-0.00610.1286-0.02870.155450.8844-52.268170.741
65.73272.5758-4.5164.4682-2.63678.3590.4967-0.90970.52190.6146-0.24870.6792-0.49920.0336-0.2480.3948-0.08340.1250.2605-0.12850.266432.779-44.704783.3181
78.89083.58622.26123.03491.30982.79350.16780.1547-0.6482-0.06140.2577-0.23620.6916-0.2877-0.42550.38060.0139-0.06280.3986-0.12230.341223.4723-53.406-23.1137
82.6504-1.6519-3.77824.21962.03719.89460.03180.77860.0724-0.95990.1533-0.7373-0.08610.4745-0.18510.4002-0.12240.21521.0625-0.1160.52242.2271-47.3791-35.9492
92.48681.0361-0.374.48024.894314.2623-0.0388-0.41950.04870.03660.00130.1939-0.08190.36590.03750.1568-0.0206-0.05130.3058-0.04250.242353.579-25.450126.5455
103.2028-1.9675-1.4713.8538-1.599911.65810.30450.62990.0544-0.2753-0.4497-0.55430.22910.21270.14520.22350.0283-0.05080.1833-0.0150.202223.0202-24.066120.1594
118.0086-6.247-3.76085.32142.66046.1638-1.1547-2.0239-0.35160.20111.2441-0.11430.78621.1085-0.08941.36640.1310.14491.61010.60651.192166.1732-64.127198.1616
1215.7895-2.8904-3.15594.24681.91891.505-1.6301-2.06470.98750.29381.19150.16520.10640.67280.43871.1717-0.1398-0.42071.93810.03770.660452.5668-52.0618105.5074
1311.7405-3.20820.6274.4301-4.98226.6019-1.00622.3176-0.6292-0.17690.95040.04580.7868-1.82880.05591.161-0.0379-0.3611.7208-0.66981.09517.3505-64.2915-49.4
1418.14350.4767-2.85233.1561-0.95421.4512-1.70672.7878-0.365-0.38820.979-0.2281-0.0364-0.890.72771.4014-0.118-0.17872.2044-0.34920.50521.5901-54.4341-56.9021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 306
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 99
4X-RAY DIFFRACTION3C1 - 180
5X-RAY DIFFRACTION3C501 - 508
6X-RAY DIFFRACTION4D1 - 99
7X-RAY DIFFRACTION5E1 - 114
8X-RAY DIFFRACTION6F1 - 116
9X-RAY DIFFRACTION7G1 - 114
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 116
11X-RAY DIFFRACTION9A181 - 280
12X-RAY DIFFRACTION10C181 - 280
13X-RAY DIFFRACTION11E115 - 210
14X-RAY DIFFRACTION12F117 - 250
15X-RAY DIFFRACTION13G115 - 210
16X-RAY DIFFRACTION14H117 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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