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- PDB-4elh: Structure-activity relationship guides enantiomeric preference am... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4elh | ||||||
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Title | Structure-activity relationship guides enantiomeric preference among potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bourne, C.R. / Barrow, W.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-activity relationship for enantiomers of potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase. Authors: Bourne, C.R. / Wakeham, N. / Nammalwar, B. / Tseitin, V. / Bourne, P.C. / Barrow, E.W. / Mylvaganam, S. / Ramnarayan, K. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 595.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 492.2 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 71.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 96.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4elbC ![]() 4eleC ![]() 4elfC ![]() 4elgC ![]() 3fl8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules AHCBGFDE
#1: Protein | Mass: 19615.453 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1305 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/53I.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/53J.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/53I.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/53J.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-53I / ( #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-53J / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 16-22% PEG 3350, 0.2M CaCl2, 0.1M MES, +/- 3% glycerol , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
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Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.38 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→43.8 Å / Num. obs: 90525 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 24.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3FL8 Resolution: 2.103→43.784 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.635 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.103→43.784 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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