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万見
- PDB-4edz: Crystal structure of hH-PGDS with water displacing inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4edz
タイトルCrystal structure of hH-PGDS with water displacing inhibitor
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードIsomerase/Isomerase inhibitor / Inhibitor / Solvent replacement / Isomerase-Isomerase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0O5 / GLUTATHIONE / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Day, J.E. / Thorarensen, A. / Trujillo, J.I.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Investigation of the binding pocket of human hematopoietic prostaglandin (PG) D2 synthase (hH-PGDS): a tale of two waters.
著者: Trujillo, J.I. / Kiefer, J.R. / Huang, W. / Day, J.E. / Moon, J. / Jerome, G.M. / Bono, C.P. / Kornmeier, C.M. / Williams, M.L. / Kuhn, C. / Rennie, G.R. / Wynn, T.A. / Carron, C.P. / Thorarensen, A.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
D: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,02314
ポリマ－93,2434
非ポリマー2,78010
水8,431468
1
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0117
ポリマ－46,6212
非ポリマー1,3905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
2
C: Hematopoietic prostaglandin D synthase
D: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0117
ポリマ－46,6212
非ポリマー1,3905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.468, 124.468, 105.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23310.713 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTS, HPGDS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-0O5 / 4-(3-methylisoquinolin-1-yl)-N-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]benzamide


分子量: 375.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 49416 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.0720.30748310.661189
2.07-2.1520.24849410.635190.9
2.15-2.2520.21449930.729191.7
2.25-2.3720.18250070.75191.5
2.37-2.522.10.15350590.779192.4
2.52-2.712.10.12449970.849191.5
2.71-2.992.10.1149470.925191
2.99-3.422.30.08650171.131191.2
3.42-4.312.40.07249221.444189.7
4.31-502.50.06947021.713184.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2233 / WRfactor Rwork: 0.1823 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8596 / SU B: 10.348 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2535 / SU Rfree: 0.1952 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2482 5 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1919 49166 90.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.24 Å2 / Biso mean: 29.348 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 0 194 468 7206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9771.989399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.808311365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8855787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16624.217332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.727151160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7131540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3461.53971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0681.51574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65526457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03932944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6844.52942
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 181 -
Rwork0.227 3397 -
all-3578 -
obs--89.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.002-0.3845-0.21091.2326-0.21271.94950.04010.08840.0429-0.0228-0.0163-0.0265-0.0960.024-0.02370.0564-0.0113-0.01660.01210.01150.014424.1768.6098-27.0806
21.56670.13290.32022.19940.43732.9458-0.02760.0537-0.136-0.160.0553-0.07480.16190.1231-0.02770.02620.00330.00920.01840.0170.029125.9575-4.7281-6.9682
31.25140.1349-0.041.9342-0.0132.07780.0393-0.08980.01330.1453-0.04110.12170.0267-0.18910.00170.0096-0.01150.01050.0334-0.01630.0181-8.82526.2796-50.229
41.60140.2412-0.36731.40570.16662.3040.03930.02590.05650.057-0.0146-0.0881-0.17460.0802-0.02470.0245-0.0139-0.01080.0125-0.00490.01567.829942.5411-42.6001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1B201
3X-RAY DIFFRACTION1A201
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 199
5X-RAY DIFFRACTION2B202
6X-RAY DIFFRACTION3C2 - 199
7X-RAY DIFFRACTION3C202
8X-RAY DIFFRACTION4D1 - 199
9X-RAY DIFFRACTION4D201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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