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万見
- PDB-4ec7: Cobra NGF in complex with lipid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ec7
タイトルCobra NGF in complex with lipid
要素Venom nerve growth factor
キーワードHORMONE / Cobra NGF / Unknown Lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


nerve growth factor receptor binding / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / synaptic vesicle / toxin activity ...nerve growth factor receptor binding / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / synaptic vesicle / toxin activity / negative regulation of neuron apoptotic process / axon / lipid binding / dendrite / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L44 / Venom nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jiang, T. / Wang, F. / Tong, Q.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2012
タイトル: Structural and functional insights into lipid-bound nerve growth factors
著者: Tong, Q. / Wang, F. / Zhou, H.Z. / Sun, H.L. / Song, H. / Shu, Y.Y. / Gong, Y. / Zhang, W.T. / Cai, T.X. / Yang, F.Q. / Tang, J. / Jiang, T.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Venom nerve growth factor
B: Venom nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7863
ポリマ－26,1612
非ポリマー6251
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.120, 118.120, 87.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Venom nerve growth factor / vNGF


分子量: 13080.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: P61898
#2: 化合物 ChemComp-L44 / (2S)-1-hydroxy-3-(tetradecanoyloxy)propan-2-yl docosanoate


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細L44 IN 4EC7 IS UNKNOWN LIPID. THE AUTHOR DOES NOT KNOW THE COMPLETE STRUCTURE OF L44.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG mme 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月1日
放射モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→28.372 Å / Num. all: 11077 / Num. obs: 10968 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 36.11 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→28.372 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8301 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.62 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 581 5.3 %RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.2304 10968 94.99 %-
all-11547 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.382 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 121.75 Å2 / Biso mean: 41.2025 Å2 / Biso min: 15.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1784 Å20 Å20 Å2
2---0.1784 Å2-0 Å2
3---0.3569 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1694 0 44 25 1763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3582387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.042662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6001-2.86160.35861420.307625302672
2.8616-3.27510.30191310.276725622693
3.2751-4.12430.2711400.211625662706
4.1243-28.37320.22791680.190227292897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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