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- PDB-4e84: Crystal Structure of Burkholderia cenocepacia HldA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+84
タイトルCrystal Structure of Burkholderia cenocepacia HldA
要素D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / LPS-heptose Biosynthesis / Beta-clasp dimerization region / PfkB Carbohydrate Kinase / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / nucleotidyltransferase activity / kinase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
RfaE bifunctional protein, domain I / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-GMZ / : / Chem-M7B / PHOSPHATE ION / D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lee, T.-W. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural-functional studies of Burkholderia cenocepacia D-glycero-beta-D-manno-heptose 7-phosphate kinase (HldA) and characterization of inhibitors with antibiotic adjuvant and antivirulence properties.
著者: Lee, T.W. / Verhey, T.B. / Antiperovitch, P.A. / Atamanyuk, D. / Desroy, N. / Oliveira, C. / Denis, A. / Gerusz, V. / Drocourt, E. / Loutet, S.A. / Hamad, M.A. / Stanetty, C. / Andres, S.N. / ...著者: Lee, T.W. / Verhey, T.B. / Antiperovitch, P.A. / Atamanyuk, D. / Desroy, N. / Oliveira, C. / Denis, A. / Gerusz, V. / Drocourt, E. / Loutet, S.A. / Hamad, M.A. / Stanetty, C. / Andres, S.N. / Sugiman-Marangos, S. / Kosma, P. / Valvano, M.A. / Moreau, F. / Junop, M.S.
履歴
登録2012年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
B: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,55014
ポリマ－77,4902
非ポリマー2,06012
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.398, 90.398, 397.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-670-

HOH

21B-688-

HOH

31B-689-

HOH

41B-746-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase


分子量: 38744.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: hldA, BceJ2315_28810, BCAL2945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EB35

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糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-M7B / 7-O-phosphono-D-glycero-beta-D-manno-heptopyranose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 290.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O10P
#8: 糖 ChemComp-GMZ / 1,7-di-O-phosphono-D-glycero-beta-D-manno-heptopyranose / β-D-glycero-D-manno-ヘプトピラノ-ス1,7-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 370.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O13P2

-
非ポリマー , 6種, 335分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium citrate, 0.1M HEPES, 20% 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.96 Å / Num. all: 31023 / Num. obs: 31023 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.6→38.955 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 1552 5.06 %
Rwork0.2244 --
obs0.2264 30655 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.583 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4246 Å20 Å20 Å2
2--0.4246 Å20 Å2
3----0.8491 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4704 0 110 325 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6956697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3151905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.68240.47321450.41722489X-RAY DIFFRACTION97
2.6824-2.77830.40091240.34742536X-RAY DIFFRACTION98
2.7783-2.88950.3581300.272612X-RAY DIFFRACTION100
2.8895-3.0210.3181260.24762647X-RAY DIFFRACTION100
3.021-3.18020.27531550.22482573X-RAY DIFFRACTION100
3.1802-3.37930.27981320.23092627X-RAY DIFFRACTION99
3.3793-3.640.28061580.25022571X-RAY DIFFRACTION97
3.64-4.0060.27611490.24122619X-RAY DIFFRACTION99
4.006-4.58490.20771480.17712711X-RAY DIFFRACTION100
4.5849-5.77350.21771400.18092744X-RAY DIFFRACTION100
5.7735-38.95980.21651450.20162974X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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