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- PDB-1hy3: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ESTROGEN SULFOTRANSFERASE V269E MUTANT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hy3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ESTROGEN SULFOTRANSFERASE V269E MUTANT IN THE PRESENCE OF PAPS
要素ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ESTROGEN / SULFOTRANSFERASE / PAPS / HUMAN
機能・相同性
機能・相同性情報


estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / estrogen catabolic process / flavonol 3-sulfotransferase activity / steroid sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / sulfation / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfotransferase activity ...estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / estrogen catabolic process / flavonol 3-sulfotransferase activity / steroid sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / sulfation / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfotransferase activity / ethanol catabolic process / Paracetamol ADME / estrogen metabolic process / steroid metabolic process / positive regulation of fat cell differentiation / steroid binding / nuclear membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE / Sulfotransferase 1E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Petrochenko, E.V. / Shevtsov, S. / Negishi, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the human estrogen sulfotransferase-PAPS complex: evidence for catalytic role of Ser137 in the sulfuryl transfer reaction.
著者: Pedersen, L.C. / Petrotchenko, E. / Shevtsov, S. / Negishi, M.
履歴
登録2001年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
B: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4274
ポリマ－70,4132
非ポリマー1,0152
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.925, 97.263, 62.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細ASYMMETRIC UNIT MOST LIKELY REPRESENTS FUNCTIONAL DIMER

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN SULFOTRANSFERASE / SULFOTRANSFERASE / ESTROGEN-PREFERRING


分子量: 35206.359 Da / 分子数: 2 / 変異: V269E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STE / プラスミド: PGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49888, estrone sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-PPS / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE


分子量: 507.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O13P2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, PEG 8K, PAP, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細 (eV)
115 mg/mlprotein1drop
20.5 mM1dropNaH2PO4
3100 mM1dropNaCl
44 mMPAP1droppH7.2
50.1 MMES1reservoirpH6.0
618 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 63064 / Num. obs: 62882 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique all: 3569 / % possible all: 52.1
反射
*PLUS
Num. obs: 63064 / Num. measured all: 182966 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.1 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN EST

解像度: 1.8→22.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 494998.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS target values
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 3123 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.198 61877 --
obs0.197 61877 89.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.4 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4788 0 62 450 5300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.832.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 320 5.1 %
Rwork0.296 5910 -
obs--54.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PPS.PARPPS.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.198 / Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.296 / Rfactor obs: 0.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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