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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d13 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cofactor-free urate oxidase in complex with its 5-peroxoisourate intermediate (X-ray dose, 2.2 kGy) | ||||||
![]() | URICASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bui, S. / Steiner, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Direct evidence for a peroxide intermediate and a reactive enzyme-substrate-dioxygen configuration in a cofactor-free oxidase. 著者: Bui, S. / von Stetten, D. / Jambrina, P.G. / Prange, T. / Colloc'h, N. / de Sanctis, D. / Royant, A. / Rosta, E. / Steiner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34288.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-IUP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 20MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID UNDER ANAEROBIC CONDITIONS RESERVOIR: 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT ...詳細: 20MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID UNDER ANAEROBIC CONDITIONS RESERVOIR: 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT ANAEROBICALLY. CRYSTALS WERE INCUBATED WITH A RESERVOIR SOLUTION ENRICHED BY 10 MM H2O2 AND 20% GLYCEROL TO GENERATE THE PEROXIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 96758 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.3→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.17 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.027 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.97 Å
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拘束条件 |
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