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- PDB-4d0z: GalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 and manganese (H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0z
タイトルGalNAc-T2 crystal soaked with UDP-5SGalNAc, mEA2 and manganese (Higher resolution dataset)
要素
  • PEPTIDE
  • POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX / RETAINING GALNAC-T2 / SUBSTRATE-GUIDED SNI-TYPE REACTION / QM/MM METADYNAMICS / BI-BI KINETIC MECHANISM / SUBSTRATE SPECIFICITY / ACETAMIDO GROUP
機能・相同性
機能・相同性情報


intussusceptive angiogenesis / apoptotic process involved in heart morphogenesis / chorio-allantoic fusion / protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / protein O-linked GalNAcylation / chondroblast differentiation ...intussusceptive angiogenesis / apoptotic process involved in heart morphogenesis / chorio-allantoic fusion / protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / protein O-linked GalNAcylation / chondroblast differentiation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of cartilage development / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / protein O-linked glycosylation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / labyrinthine layer blood vessel development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / Golgi cisterna membrane / positive regulation of immunoglobulin production / growth factor binding / extracellular matrix organization / reactive oxygen species metabolic process / protein maturation / positive regulation of cell differentiation / osteoblast differentiation / integrin binding / manganese ion binding / carbohydrate binding / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
IGFBP-related, CNN / : / CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Insulin-like growth factor binding protein ...IGFBP-related, CNN / : / CCN, TSP1 domain / CCN3 Nov like TSP1 domain / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / von Willebrand factor type C domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BBK / Chem-HWU / : / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / CCN family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. ...Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2.
著者: Lira-Navarrete, E. / Iglesias-Fernandez, J. / Zandberg, W.F. / Companon, I. / Kong, Y. / Corzana, F. / Pinto, B.M. / Clausen, H. / Peregrina, J.M. / Vocadlo, D. / Rovira, C. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2014年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
B: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
C: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
D: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
E: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
F: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
X: PEPTIDE
Y: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,36161
ポリマ－390,0458
非ポリマー7,31653
水11,403633
1
B: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
X: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,78513
ポリマ－65,3732
非ポリマー1,41211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint18.7 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
2
A: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,36114
ポリマ－64,8251
非ポリマー1,53613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5033
ポリマ－64,8251
非ポリマー6782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0519
ポリマ－64,8251
非ポリマー1,2268
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
F: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5033
ポリマ－64,8251
非ポリマー6782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
Y: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,15819
ポリマ－65,3732
非ポリマー1,78517
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area21050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.485, 121.143, 249.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21A
12E
22B
13E
23C
14E
24D
15E
25F
16A
26B
17A
27C
18A
28D
19A
29F
110B
210C
111B
211D
112B
212F
113C
213D
114C
214F
115D
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11EE75 - 56975 - 569
21AA75 - 56975 - 569
12EE75 - 56975 - 569
22BB75 - 56975 - 569
13EE75 - 56775 - 567
23CC75 - 56775 - 567
14EE75 - 56975 - 569
24DD75 - 56975 - 569
15EE75 - 56975 - 569
25FF75 - 56975 - 569
16AA75 - 56975 - 569
26BB75 - 56975 - 569
17AA75 - 56775 - 567
27CC75 - 56775 - 567
18AA75 - 56975 - 569
28DD75 - 56975 - 569
19AA75 - 56975 - 569
29FF75 - 56975 - 569
110BB75 - 56775 - 567
210CC75 - 56775 - 567
111BB75 - 56975 - 569
211DD75 - 56975 - 569
112BB75 - 56975 - 569
212FF75 - 56975 - 569
113CC75 - 56775 - 567
213DD75 - 56775 - 567
114CC75 - 56775 - 567
214FF75 - 56775 - 567
115DD75 - 56975 - 569
215FF75 - 56975 - 569

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.07309, -0.02895, 0.9969), (-0.01826, -0.9994, -0.03036), (0.9972, -0.02042, 0.07252)
ベクター: 67.1676, -42.9299, -63.5268)

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 12分子 ABCDEFXY

#1: タンパク質
POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2 / POLYPEPTIDE GALNAC TRANSFERASE 2 / GALNAC-T2 / PP-GANTASE 2 / PROTEIN-UDP ...POLYPEPTIDE GALNAC TRANSFERASE 2 / GALNAC-T2 / PP-GANTASE 2 / PROTEIN-UDP ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2 / UDP-GALNAC\: POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2 / POLYPEPTIDE GALNAC-TRANSFERASE T2


分子量: 64824.703 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): SMD-1168
参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 548.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): SMD-1168 / 参照: UniProt: Q6FI18*PLUS
#5: 糖
ChemComp-BBK / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactopyranose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-galactose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 237.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO5S

-
非ポリマー , 4種, 682分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-HWU / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-thiopyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / URIDINE DIPHOSPHO-5-THIO-N-ACETYLGALACTOSAMINE


分子量: 623.419 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O16P2S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.92
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 178474 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FFV

2ffv


解像度: 2.2→249.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 13.345 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23377 4936 2.8 %RANDOM
Rwork0.19641 ---
obs0.19743 173416 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→249.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23684 0 448 633 24765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01924545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0223134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.96133199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.416353057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23452948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42923.3221192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.883154117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.17615226
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.23530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02127668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.025886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0583.44811821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0573.44811822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6475.15514759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0253.94212724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E309030.06
12A309030.06
21E307800.06
22B307800.06
31E294540.06
32C294540.06
41E306830.07
42D306830.07
51E304820.06
52F304820.06
61A307290.06
62B307290.06
71A295560.06
72C295560.06
81A304680.07
82D304680.07
91A306330.06
92F306330.06
101B294160.07
102C294160.07
111B305920.07
112D305920.07
121B305640.06
122F305640.06
131C293100.07
132D293100.07
141C291290.07
142F291290.07
151D302330.07
152F302330.07
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 386 -
Rwork0.275 12679 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06250.1346-0.05940.86930.16210.2415-0.00490.0281-0.00730.0046-0.01220.0781-0.0002-0.03910.0170.18930.00150.01310.1479-0.01080.055710.1018-39.4319-37.884
20.3055-0.42440.00691.15360.02710.03160.08980.03230.0601-0.2129-0.096-0.1666-0.0197-0.03610.00620.23340.02940.08110.10960.0540.08829.6809-2.3603-55.1407
30.1985-0.1296-0.37430.46410.32160.75870.01530.0418-0.00460.1895-0.0198-0.04830.0106-0.00690.00440.29650.0001-0.02430.14150.0110.008422.1901-32.11011.1109
40.72060.9529-0.39181.8879-1.11640.8901-0.5370.1366-0.3562-0.40770.2999-0.58220.125-0.30530.23710.5654-0.12020.17280.1522-0.07110.208953.8183-82.3863-19.254
50.626-0.2283-0.24830.34560.2710.2756-0.0227-0.08690.094-0.11460.1065-0.0604-0.00550.043-0.08380.3172-0.05160.01420.08670.0090.041167.5469-9.781-42.765
60.4835-0.1290.3170.4729-0.71751.1689-0.14940.0810.0603-0.01460.1351-0.03470.0716-0.13120.01420.22780.0447-0.10620.1222-0.02880.081141.9618-88.764919.1201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E75 - 569
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3B75 - 569
4X-RAY DIFFRACTION4C75 - 568
5X-RAY DIFFRACTION5D75 - 600
6X-RAY DIFFRACTION6F75 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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