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万見
- PDB-4cwd: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GAMMA-BUTYROBETAINE,2-OXOGLUTARATE IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cwd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GAMMA-BUTYROBETAINE,2-OXOGLUTARATE IN COMPLEX WITH 449, A NOVEL SUBSTRATE
要素GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-OG AND IRON DEPENDENT DIOXYGENASE / CARNITINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-butyrobetaine dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / iron ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NE0471 N-terminal domain-like - #30 / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / NE0471 N-terminal domain-like / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family ...NE0471 N-terminal domain-like - #30 / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / NE0471 N-terminal domain-like / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-carboxy-1,1-dimethylpiperidin-1-ium / NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Gamma-butyrobetaine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Kochan, G. / Rydzik, A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2014
タイトル: Oxygenase-catalyzed desymmetrization of N,N-dialkyl-piperidine-4-carboxylic acids.
著者: Rydzik, A.M. / Leung, I.K. / Kochan, G.T. / McDonough, M.A. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3976
ポリマ－44,8621
非ポリマー5365
水7,404411
1
A: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,79512
ポリマ－89,7242
非ポリマー1,07110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area8790 Å2
ΔGint-69.3 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.518, 106.518, 205.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2095-

HOH

21A-2395-

HOH

31A-2396-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE / GAMMA-BUTYROBETAINE HYDROXYLASE / GAMMA-BBH / GAMMA-BUTYROBETAINE / 2-OXOGLUTARATE DIOXYGENASE


分子量: 44861.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PFBOH-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): DH10Bac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75936, gamma-butyrobetaine dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 416分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-449 / 4-carboxy-1,1-dimethylpiperidin-1-ium / 1,1-ジメチル-4-カルボキシピペリジニウム


分子量: 158.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16NO2
#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.2M AMMONIUM CITRATE, 20% PEG 3350, 6% DIAMINE HEXAN, 10MM ZNSO4, PH 7.0, 1MM 4-CARBOXY-1,1-DIMETHYLPIPERIDIN-1-IUM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 PLUS / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月18日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24.83 Å / Num. obs: 35472 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MS5

3ms5


解像度: 1.899→24.826 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 1991 5.6 %
Rwork0.1674 --
obs0.1696 35432 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→24.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 30 411 3530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9594376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8181179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8992-1.94660.26571410.24372367X-RAY DIFFRACTION100
1.9466-1.99930.29031420.24342370X-RAY DIFFRACTION100
1.9993-2.05810.26571400.2262357X-RAY DIFFRACTION100
2.0581-2.12450.22311430.18812384X-RAY DIFFRACTION100
2.1245-2.20030.17261410.1682375X-RAY DIFFRACTION100
2.2003-2.28840.17941420.16222386X-RAY DIFFRACTION100
2.2884-2.39250.20911420.172389X-RAY DIFFRACTION100
2.3925-2.51850.21051430.18552383X-RAY DIFFRACTION100
2.5185-2.67610.23941410.1922376X-RAY DIFFRACTION99
2.6761-2.88240.24961440.19282399X-RAY DIFFRACTION99
2.8824-3.1720.17741440.15762393X-RAY DIFFRACTION100
3.172-3.62970.18431400.13522355X-RAY DIFFRACTION98
3.6297-4.56840.17361450.13212416X-RAY DIFFRACTION99
4.5684-24.82780.22871430.17232491X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0527-0.00520.00510.0541-0.06230.0727-0.12250.19820.22760.10370.0447-0.0639-0.28590.18330.00010.2234-0.0426-0.0530.30930.0290.3109-18.482934.4685-14.0373
20.11770.03230.0840.10030.05240.0779-0.01450.00710.04390.05790.0092-0.04180.02770.0695-00.1801-0.0215-0.03080.2148-0.01050.2159-23.511121.2007-8.939
30.0170.0357-0.02980.036-0.02190.0235-0.03750.02630.0848-0.0181-0.0013-0.1377-0.10230.113100.2253-0.04050.00180.27950.00420.2525-24.73920.8556-39.246
40.49270.01590.0330.3557-0.01170.45540.00240.03030.014-0.0596-0.0265-0.00430.05850.093300.1926-0.01260.0110.2054-0.0010.1765-33.77444.0224-48.8633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 26 THROUGH 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 95 THROUGH 123 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 124 THROUGH 384 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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