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- PDB-4cw2: Crystal structure of cofactor-free urate oxidase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cw2
タイトルCrystal structure of cofactor-free urate oxidase in complex with the 5-peroxo derivative of 9-metyl uric acid (X-ray dose, 2.5 kGy)
要素URICASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase catabolic process / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XDS / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FLAVUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Bui, S. / Steiner, R.A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2014
タイトル: Direct evidence for a peroxide intermediate and a reactive enzyme-substrate-dioxygen configuration in a cofactor-free oxidase.
著者: Bui, S. / von Stetten, D. / Jambrina, P.G. / Prange, T. / Colloc'h, N. / de Sanctis, D. / Royant, A. / Rosta, E. / Steiner, R.A.
履歴
登録2014年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5323
ポリマ－34,2001
非ポリマー3322
水11,259625
1
A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,12812
ポリマ－136,7984
非ポリマー1,3298
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area23940 Å2
ΔGint-129.3 kcal/mol
Surface area47410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.506, 95.132, 104.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 URICASE / URATE OXIDASE


分子量: 34199.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FLAVUS (カビ) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-XDS / (5S)-5-(dioxidanyl)-9-methyl-7H-purine-2,6,8-trione


分子量: 214.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O5
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 20MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID UNDER ANAEROBIC CONDITIONS RESERVOIR: 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT ...詳細: 20MG/ML UOX IN 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 SATURATED WITH 9-METHYL URIC ACID UNDER ANAEROBIC CONDITIONS RESERVOIR: 8% PEG 8000, 50 MM TRIS-ACETATE PH 8.0 CRYSTALLIZATION WAS CARRIED OUT ANAEROBICALLY. CRYSTALS WERE EXPOSED TO AIR TO GENERATE THE PEROXIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 92669 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 10.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.32→70.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.418 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13696 4635 5 %RANDOM
Rwork0.11044 ---
obs0.11178 88023 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→70.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2409 0 23 625 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.641.9513754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85536045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6821.1441294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6811.1441295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0371.7181635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0371.7191635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6611.3721438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.661.3721439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5031.9562093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.76615.8272807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.43913.172342
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.13135337
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free60.785168
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.31755732
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 335 -
Rwork0.237 6449 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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