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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cd2 | ||||||
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タイトル | LIGAND INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXES WITH FOLATE AND NADP+ | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / OXIDO-REDUCTASE / FOLATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pneumocystis carinii (ニューモシスチス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cody, V. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Ligand-induced conformational changes in the crystal structures of Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase complexes with folate and NADP+. 著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F. #1: ジャーナル: Structure (London) / 年: 1994 タイトル: THE STRUCTURE OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE TO 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 著者: CHAMPNESS, J.N. / ACHARI, A. / BALLANTINE, S.P. / BRYANT, P.K. / DELVES, C.J. / STAMMERS, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cd2.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cd2.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cd2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pneumocystis carinii (ニューモシスチス) プラスミド: PT7-7 / 遺伝子 (発現宿主): C-DNA P.CARINII DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16184, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: temperature gradient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 1997年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→99 Å / Num. obs: 13866 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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