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- PDB-4c4r: Structure of beta-phosphoglucomutase in complex with a phosphonat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4r
タイトルStructure of beta-phosphoglucomutase in complex with a phosphonate analogue of beta-glucose-1-phosphate and magnesium trifluoride
要素BETA-PHOSPHOGLUCOMUTASE
キーワードISOMERASE / PHOSPHORYL TRANSFER / TRANSITION STATE / METAL FLUORIDE / MUTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROMAGNESATE / (1R)-1,5-anhydro-1-(phosphonomethyl)-D-glucitol / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Pellegrini, E. / Bowler, M.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Alpha-Fluorophosphonates Reveal How a Phosphomutase Conserves Transition State Conformation Over Hexose Recognition in its Two-Step Reaction.
著者: Jin, Y. / Bhattasali, D. / Pellegrini, E. / Forget, S.M. / Baxter, N.J. / Cliff, M.J. / Bowler, M.W. / Jakeman, D.L. / Blackburn, G.M. / Waltho, J.P.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-PHOSPHOGLUCOMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6034
ポリマ－24,2401
非ポリマー3643
水10,196566
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.012, 54.201, 105.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-PHOSPHOGLUCOMUTASE / BETA-PGM / BETAPHOSPHOGLUCOMUTASE


分子量: 24239.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖 ChemComp-YO5 / (1R)-1,5-anhydro-1-(phosphonomethyl)-D-glucitol / Beta-1 phosphonomethylene-D-glucopyranose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 258.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H15O8P
#4: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト


分子量: 81.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.2 / 詳細: 27-32% PEG 4000, 50-75 MM MAGNESIUM ACETATE, pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月10日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→52.7 Å / Num. obs: 82900 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 5.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WF5

2wf5


解像度: 1.1→19.648 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1726 4136 5 %
Rwork0.1492 --
obs0.1504 82621 92.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.384 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 6.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6794 Å20 Å20 Å2
2---2.4107 Å20 Å2
3---3.0902 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1677 0 21 566 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3622412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.144655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11250.22571120.21292309X-RAY DIFFRACTION83
1.1125-1.12560.19641190.18692386X-RAY DIFFRACTION85
1.1256-1.13930.22331150.16872409X-RAY DIFFRACTION86
1.1393-1.15370.16171300.15472439X-RAY DIFFRACTION86
1.1537-1.16890.16791130.14522423X-RAY DIFFRACTION88
1.1689-1.18490.18771280.1442511X-RAY DIFFRACTION89
1.1849-1.20190.17211130.14812508X-RAY DIFFRACTION89
1.2019-1.21980.171270.14762433X-RAY DIFFRACTION88
1.2198-1.23880.17261290.13552513X-RAY DIFFRACTION90
1.2388-1.25920.14671240.12412581X-RAY DIFFRACTION92
1.2592-1.28090.15571320.1242562X-RAY DIFFRACTION92
1.2809-1.30420.161360.13532586X-RAY DIFFRACTION92
1.3042-1.32920.15581350.13112618X-RAY DIFFRACTION94
1.3292-1.35640.17651400.12982629X-RAY DIFFRACTION93
1.3564-1.38580.16481570.13242590X-RAY DIFFRACTION94
1.3858-1.41810.16931400.12922637X-RAY DIFFRACTION94
1.4181-1.45350.14121550.12622657X-RAY DIFFRACTION95
1.4535-1.49280.18571520.13472615X-RAY DIFFRACTION94
1.4928-1.53670.16961390.12942707X-RAY DIFFRACTION95
1.5367-1.58630.16051500.1332677X-RAY DIFFRACTION95
1.5863-1.6430.17661490.12882718X-RAY DIFFRACTION96
1.643-1.70870.1551320.13922668X-RAY DIFFRACTION95
1.7087-1.78640.17861390.14492734X-RAY DIFFRACTION96
1.7864-1.88050.16191750.15062705X-RAY DIFFRACTION96
1.8805-1.99830.16161460.14442727X-RAY DIFFRACTION96
1.9983-2.15240.17171450.15422771X-RAY DIFFRACTION97
2.1524-2.36860.1461290.14872746X-RAY DIFFRACTION95
2.3686-2.71060.19471620.16692807X-RAY DIFFRACTION98
2.7106-3.41220.15311410.15712870X-RAY DIFFRACTION98
3.4122-19.65070.20891720.17682949X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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