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万見
- PDB-4btm: TTBK1 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4btm
タイトルTTBK1 in complex with inhibitor
要素TAU-TUBULIN KINASE 1
キーワードTRANSFERASE / LIGAND COMPLEX / STRUCTURE-KINETICS RELATIONSHIP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of microglial cell activation / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / tau protein binding / protein tyrosine kinase activity / learning or memory / non-specific serine/threonine protein kinase ...positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of microglial cell activation / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / tau protein binding / protein tyrosine kinase activity / learning or memory / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tau-tubulin kinase 1, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Tau-tubulin kinase 1, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F8E / Tau-tubulin kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Xue, Y. / Wan, P. / Hillertz, P. / Schweikart, F. / Zhao, Y. / Wissler, L. / Dekker, N.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2013
タイトル: X-Ray Structural Analysis of Tau-Tubulin Kinase 1 and its Interactions with Small Molecular Inhibitors.
著者: Xue, Y. / Wan, P.T. / Hillertz, P. / Schweikart, F. / Zhao, Y. / Wissler, L. / Dekker, N.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAU-TUBULIN KINASE 1
B: TAU-TUBULIN KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,74210
ポリマ－77,4932
非ポリマー1,2498
水6,467359
1
A: TAU-TUBULIN KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3825
ポリマ－38,7471
非ポリマー6354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TAU-TUBULIN KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3605
ポリマ－38,7471
非ポリマー6134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.590, 108.420, 110.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TAU-TUBULIN KINASE 1 / BRAIN-DERIVED TAU KINASE


分子量: 38746.543 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KINASE DOMAIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5TCY1, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 367分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-F8E / methyl 2-bromo-5-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-ylamino)benzoate


分子量: 347.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11BrN4O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→43.29 Å / Num. obs: 48993 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 68.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.54→2.61 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CKI, 1LHX, 2CMW, 2IZU, 2V62, 3GGF, 3OP5

1cki

1lhx

2cmw

2izu

2v62

3ggf

3op5


解像度: 2.54→43.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9467 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.173
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 2477 5.06 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1789 48991 98.66 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5672 Å20 Å2-0.1069 Å2
2---6.3186 Å20 Å2
3---4.7514 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4765 0 72 359 5196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014941HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.116641HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1789SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes727HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4941HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion591SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5531SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 179 5.08 %
Rwork0.2265 3345 -
all0.2281 3524 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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