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- PDB-4bku: Enoyl-ACP reductase FabI from Burkholderia pseudomallei with cofa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bku
タイトルEnoyl-ACP reductase FabI from Burkholderia pseudomallei with cofactor NADH and inhibitor PT155
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / ENOYL- ACP REDUCTASE / PYRIDONE
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S5 / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.841 Å
データ登録者Hirschbeck, M.W. / Liu, N. / Neckles, C. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Rational Design of Broad Spectrum Antibacterial Activity Based on a Clinically Relevant Enoyl-Acyl Carrier Protein (Acp) Reductase Inhibitor.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Lu, Y. / Liu, L. / Pan, P. / Hirschbeck, M.W. / Tareilus, M. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Cummings, J.E. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Walker, S.G. ...著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Lu, Y. / Liu, L. / Pan, P. / Hirschbeck, M.W. / Tareilus, M. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Cummings, J.E. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Walker, S.G. / Slayden, R.A. / Sotriffer, C.A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Atomic model / Database references
改定 1.32014年12月10日Group: Data collection
改定 1.42017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3053
ポリマ－29,3251
非ポリマー9802
水6,179343
1
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,22112
ポリマ－117,3024
非ポリマー3,9198
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area18940 Å2
ΔGint-119.4 kcal/mol
Surface area31400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.320, 75.950, 89.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2006-

HOH

21A-2258-

HOH

31A-2327-

HOH

41A-2335-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / ENOYL-ACP REDUCTASE FABI


分子量: 29325.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
株: BP82 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I1WHT9, UniProt: A0A0H3HP34*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-1S5 / 5-(4-amino-2-methylphenoxy)-2-hexyl-4-hydroxy-1-methylpyridinium


分子量: 314.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NCBI REFERENCE SEQUENCE YP_108799.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 3350 200 MM (NH4)2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→37.97 Å / Num. obs: 22291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EK2

3ek2


解像度: 1.841→28.578 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1621 1140 5.1 %
Rwork0.137 --
obs0.1383 22268 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.834 Å2 / ksol: 0.436 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3323 Å20 Å20 Å2
2--0.1615 Å20 Å2
3---2.1708 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.841→28.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 67 343 2322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082073
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1372828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.386762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.841-1.92480.22431470.19132599X-RAY DIFFRACTION100
1.9248-2.02620.20311530.13852585X-RAY DIFFRACTION100
2.0262-2.15310.1611420.13032623X-RAY DIFFRACTION100
2.1531-2.31930.14791350.12232629X-RAY DIFFRACTION100
2.3193-2.55260.16811360.132633X-RAY DIFFRACTION100
2.5526-2.92160.16281390.13572636X-RAY DIFFRACTION100
2.9216-3.67970.15151590.13212659X-RAY DIFFRACTION100
3.6797-28.58140.14171290.14042764X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9870.4241-0.18841.6262-0.62951.7548-0.01190.0394-0.0517-0.06010.0313-0.06330.09850.149-0.02580.06320.0394-0.01280.119-0.02090.0759-10.1995-3.806915.0096
25.7842.7933-4.24784.6189-3.56717.85080.111-0.3317-0.19890.26020.12760.02950.3212-0.0175-0.21180.12840.0242-0.06480.11310.03570.1395-9.165-10.895125.8298
30.89830.21280.13680.3103-0.010.4459-0.0062-0.035-0.03820.03250.0031-0.0242-0.00070.0270.00180.0660.0148-0.00040.0604-0.00730.0664-25.583-0.367919.7677
40.55430.5481-0.1643.0841-1.06421.0161-0.0106-0.0432-0.0464-0.01450.04760.12220.12490.0329-0.03870.06520.01080.00820.0802-0.00640.0741-23.8563-8.352712.3702
51.17230.23720.28591.57710.51211.0745-0.00330.0165-0.13210.02540.0197-0.02050.10780.0523-0.01310.06090.01560.01510.05520.00310.0302-22.8453-9.20672.2762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:41)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 42:55)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 56:178)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 179:203)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 204:256)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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