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- PDB-4aua: Liganded X-ray crystal structure of cyclin dependent kinase 6 (CDK6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aua
タイトルLiganded X-ray crystal structure of cyclin dependent kinase 6 (CDK6)
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of cell motility / gliogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Notch signaling pathway / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / regulation of erythrocyte differentiation / response to virus / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 6 / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Cyclin-dependent kinase 6 / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-benzimidazol-2-yl(1H-pyrrol-2-yl)methanone / Cyclin-dependent kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Cho, Y.S. / Angove, H. / Brain, C. / Chen, C.H.T. / Cheng, R. / Chopra, R. / Chung, K. / Congreve, M. / Dagostin, C. / Davis, D. ...Cho, Y.S. / Angove, H. / Brain, C. / Chen, C.H.T. / Cheng, R. / Chopra, R. / Chung, K. / Congreve, M. / Dagostin, C. / Davis, D. / Feltell, R. / Giraldes, J. / Hiscock, S. / Kim, S. / Kovats, S. / Lagu, B. / Lewry, K. / Loo, A. / Lu, Y. / Luzzio, M. / Maniara, W. / Mcmenamin, R. / Mortenson, P. / Benning, R. / O'Reilly, M. / Rees, D. / Shen, J. / Smith, T. / Wang, Y. / Williams, G. / Woolford, A. / Wrona, W. / Xu, M. / Yang, F. / Howard, S.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2012
タイトル: Fragment-Based Discovery of 7-Azabenzimidazoles as Potent, Highly Selective, and Orally Active CDK4/6 Inhibitors.
著者: Cho, Y.S. / Angove, H. / Brain, C. / Chen, C.H. / Cheng, H. / Cheng, R. / Chopra, R. / Chung, K. / Congreve, M. / Dagostin, C. / Davis, D.J. / Feltell, R. / Giraldes, J. / Hiscock, S.D. / ...著者: Cho, Y.S. / Angove, H. / Brain, C. / Chen, C.H. / Cheng, H. / Cheng, R. / Chopra, R. / Chung, K. / Congreve, M. / Dagostin, C. / Davis, D.J. / Feltell, R. / Giraldes, J. / Hiscock, S.D. / Kim, S. / Kovats, S. / Lagu, B. / Lewry, K. / Loo, A. / Lu, Y. / Luzzio, M. / Maniara, W. / McMenamin, R. / Mortenson, P.N. / Benning, R. / O'Reilly, M. / Rees, D.C. / Shen, J. / Smith, T. / Wang, Y. / Williams, G. / Woolford, A.J. / Wrona, W. / Xu, M. / Yang, F. / Howard, S.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2302
ポリマ－35,0191
非ポリマー2111
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.734, 100.734, 60.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 6 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PLSTIRE


分子量: 35019.215 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00534, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-4AU / 1H-benzimidazol-2-yl(1H-pyrrol-2-yl)methanone


分子量: 211.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % / 解説: NONE
結晶化温度: 287 K / pH: 5.7
詳細: 5MG/ML 0.1 M MES/NAOH PH 5.7,, 4.5% W/V PEG 3350, 25 MM SODIUM NITRATE, 10% V/V GLYCEROL, 10 DEGREES CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9611
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→71.23 Å / Num. obs: 13277 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019G精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→71.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.961 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27734 680 5.2 %RANDOM
Rwork0.20668 ---
obs0.21033 12395 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å20 Å20 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----4.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→71.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 16 86 2150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9672853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9482.9933557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2435251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83823.46998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.91615366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1021516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0590.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.03751274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0135512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.05762060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.0476836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.0637.5793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.311→2.371 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 60 -
Rwork0.292 884 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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