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- PDB-4asx: Crystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4asx
タイトルCrystal structure of Activin receptor type-IIA (ACVR2A) kinase domain in complex with dihydro-Bauerine C
要素ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inhibin-betaglycan-ActRII complex / inhibin binding / Regulation of signaling by NODAL / TGFBR3 regulates activin signaling / activin receptor activity / penile erection / activin receptor activity, type II / positive regulation of activin receptor signaling pathway / sperm ejaculation / Sertoli cell proliferation ...inhibin-betaglycan-ActRII complex / inhibin binding / Regulation of signaling by NODAL / TGFBR3 regulates activin signaling / activin receptor activity / penile erection / activin receptor activity, type II / positive regulation of activin receptor signaling pathway / sperm ejaculation / Sertoli cell proliferation / BMP receptor activity / embryonic skeletal system development / activin receptor activity, type I / activin receptor complex / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / pattern specification process / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / Signaling by NODAL / gastrulation with mouth forming second / regulation of nitric oxide biosynthetic process / determination of left/right symmetry / anterior/posterior pattern specification / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / growth factor binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / BMP signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / PDZ domain binding / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / osteoblast differentiation / spermatogenesis / signaling receptor complex / protein serine/threonine kinase activity / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OJ / Activin receptor type-2A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Williams, E. / Chaikuad, A. / Canning, P. / Kochan, G. / Mahajan, P. / Cooper, C.D.O. / Beltrami, A. / Krojer, T. / Pohl, B. / Bracher, F. ...Williams, E. / Chaikuad, A. / Canning, P. / Kochan, G. / Mahajan, P. / Cooper, C.D.O. / Beltrami, A. / Krojer, T. / Pohl, B. / Bracher, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Bullock, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Activin Receptor Type-Iia (Acvr2A) Kinase Domain in Complex with a Beta- Carboline Inhibitor
著者: Williams, E. / Chaikuad, A. / Canning, P. / Mahajan, P. / Cooper, C.D.O. / Beltrami, A. / Krojer, T. / Huber, K. / Bracher, F. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A
B: ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,19413
ポリマ－73,0982
非ポリマー1,09711
水5,783321
1
A: ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0666
ポリマ－36,5491
非ポリマー5175
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1287
ポリマ－36,5491
非ポリマー5796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.426, 110.426, 208.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2059-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYILEILE5BB-9 - 25015 - 84
21GLYGLYILEILE5AA-9 - 25015 - 84
12SERSERALAALA5BB274 - 349108 - 183
22SERSERALAALA5AA274 - 349108 - 183
13VALVALARGARG5BB360 - 484194 - 318
23VALVALARGARG5AA360 - 484194 - 318
14GLYGLYVALVAL6BB251 - 26185 - 95
24GLYGLYVALVAL6AA251 - 26185 - 95
15ASPASPGLYGLY5BB262 - 27396 - 107
25ASPASPGLYGLY5AA262 - 27396 - 107

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999578, 0.000187, 0.029032), (0.029032, -0.012558, -0.9995), (0.000178, 0.999921, -0.012558)27.43262, 49.4078, -46.51868

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要素

#1: タンパク質 ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A / ACTIVIN RECEPTOR TYPE IIA / ACTR-IIA / ACTRIIA


分子量: 36548.766 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 191-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27037, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6OJ / 7,8-bis(chloranyl)-9-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrido[3,4-b]indol-1-one / Dihydro-Bauerine C


分子量: 269.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10Cl2N2O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 % PEG 3350 0.20 M NA(MALONATE)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9611
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.99 Å / Num. obs: 47777 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q4T

3q4t


解像度: 2.05→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.666 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 2414 5.1 %RANDOM
Rwork0.18652 ---
obs0.18844 45307 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.15 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4872 0 70 321 5263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9596905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46638486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1885628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.90424.393239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17915889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1231529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.23331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1150.22316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0930.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7742.9835115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0033.0043486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9124.4276905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 179 -
Rwork0.27 2921 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41890.2926-0.15630.5027-0.08460.09480.0053-0.0175-0.00750.01170.0178-0.0445-0.0224-0.0092-0.0230.027-0.01180.01260.0563-0.00220.0446-39.323554.999511.4716
20.9466-0.31770.03790.11920.03980.4234-0.146-0.2036-0.00540.04290.08770.0041-0.00420.00170.05830.03630.0215-0.00430.1079-0.02620.029-11.514536.02478.0689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-9 - 484
2X-RAY DIFFRACTION1A349 - 484
3X-RAY DIFFRACTION2B-9 - 348
4X-RAY DIFFRACTION2B349 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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