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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ami | ||||||
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タイトル | Turkey beta1 adrenergic receptor with stabilising mutations and bound biased agonist bucindolol | ||||||
要素 | BETA-1 ADRENERGIC RECEPTOR | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / 7TMR BETA1-ADRENOCEPTOR / STABILISING MUTATIONS / BIASED AGONIST | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / early endosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Warne, T. / Edwards, P.C. / Leslie, A.G. / Tate, C.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Crystal Structures of a Stabilized Beta1-Adrenoceptor Bound to the Biased Agonists Bucindolol and Carvedilol 著者: Warne, T. / Edwards, P.C. / Leslie, A.G. / Tate, C.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ami.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ami.ent.gz | 101.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ami.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ami_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ami_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ami_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ami_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4ami ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4ami | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35940.777 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-243,272-368 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ) Cell: ERYTHROCYTE / プラスミド: PBACPAK8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07700 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2CV / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 90 TO VAL ...ENGINEERED | 配列の詳細 | THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTABILITY R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338M THE ...THE FOLLOWING MUTATIONS WERE MADE TO IMPROVE THERMOSTAB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 9 詳細: 0.1 M BICINE PH 9.0, 22% PEG 600, 4 DEGREES CELSIUS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→52.1 Å / Num. obs: 17466 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 86.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Y02 解像度: 3.2→44.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 19.89 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.49 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.661 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.82 Å
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拘束条件 |
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