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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4868 | |||||||||
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タイトル | Structure of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction map of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 polynucleotide 5'-phosphatase / virion component => GO:0044423 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / nucleotidyltransferase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...polynucleotide 5'-phosphatase / virion component => GO:0044423 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / nucleotidyltransferase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vaccinia virus GLV-1H68 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Grimm C / Hillen SH / Bedenk K / Bartuli J / Neyer S / Zhang Q / Huettenhofer A / Erlacher M / Dienemann C / Schlosser A ...Grimm C / Hillen SH / Bedenk K / Bartuli J / Neyer S / Zhang Q / Huettenhofer A / Erlacher M / Dienemann C / Schlosser A / Urlaub H / Boettcher B / Szalay AA / Cramer P / Fischer U | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes. 著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning ...著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning Urlaub / Bettina Böttcher / Aladar A Szalay / Patrick Cramer / Utz Fischer / 要旨: Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes ...Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes from Vaccinia virus at 2.8 Å resolution. The vRNAP core enzyme resembles eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) but also reveals many virus-specific features, including the transcription factor Rap94. The complete enzyme additionally contains the transcription factor VETF, the mRNA processing factors VTF/CE and NPH-I, the viral core protein E11, and host tRNA. This complex can carry out the entire early transcription cycle. The structures show that Rap94 partially resembles the Pol II initiation factor TFIIB, that the vRNAP subunit Rpo30 resembles the Pol II elongation factor TFIIS, and that NPH-I resembles chromatin remodeling enzymes. Together with the accompanying paper (Hillen et al., 2019), these results provide the basis for unraveling the mechanisms of poxvirus transcription and RNA processing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4868.map.gz | 30.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4868-v30.xml emd-4868.xml | 34.9 KB 34.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4868_fsc.xml | 17.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4868.png | 67.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4868_validation.pdf.gz | 252.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4868_full_validation.pdf.gz | 251.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4868_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 488.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction map of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0635 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex
+超分子 #1: Complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex
+超分子 #2: Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex
+超分子 #3: RNA
+分子 #1: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
+分子 #4: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18
+分子 #5: Putative H4L RNA polymerase-associated transcription factor RAP94
+分子 #6: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7
+分子 #7: Small subunit of mRNA capping enzyme
+分子 #8: Large subunit of mRNA capping enzyme
+分子 #9: Virion core protein
+分子 #10: Transcription factor VETF 82kDa large subunit
+分子 #12: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147
+分子 #13: Nucleoside triphosphate phosphohydrolase-I
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
+分子 #11: chr17.trna16-GlnTTG
+分子 #16: ZINC ION
+分子 #17: MAGNESIUM ION
+分子 #18: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |