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- EMDB-4741: Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4741
タイトルStructural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
マップデータStructural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
試料
  • 複合体: Ternary complex of COP9 signalosome (CSN1-CSN8) with Cullin-Ring E3 Ligase deneddylated Cullin-2, Rbx1, Elongin-B and ElonginC
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
キーワードCullin-Ring E3 Ligases (CRLs) COP9 signalosome (CSN) deneddylation / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / GTPase inhibitor activity / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / GTPase inhibitor activity / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / protein deneddylation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / COP9 signalosome / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / metal-dependent deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / NEDD8 ligase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of response to oxidative stress / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / protein deubiquitination / Prolactin receptor signaling / skeletal muscle cell differentiation / protein monoubiquitination / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cullin family protein binding / regulation of JNK cascade / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / response to light stimulus / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / protein K48-linked ubiquitination / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / JNK cascade / positive regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / T cell activation / translation initiation factor activity / Regulation of BACH1 activity / intrinsic apoptotic signaling pathway / post-translational protein modification / transcription corepressor binding / Degradation of DVL / transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / cellular response to amino acid stimulus / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / DNA Damage Recognition in GG-NER / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / neuron differentiation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Dual Incision in GG-NER / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / COP9 signalosome subunit 6 / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / COP9 signalosome subunit 6 / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin / Elongin-C / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Cullin / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 ...COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Faull SV / Lau AMC
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis of Cullin 2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome.
著者: Sarah V Faull / Andy M C Lau / Chloe Martens / Zainab Ahdash / Kjetil Hansen / Hugo Yebenes / Carla Schmidt / Fabienne Beuron / Nora B Cronin / Edward P Morris / Argyris Politis /
要旨: Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. ...Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. Here we present structures of the neddylated and deneddylated CSN-CRL2 complexes by combining single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with chemical cross-linking mass spectrometry (XL-MS). These structures suggest a conserved mechanism of CSN activation, consisting of conformational clamping of the CRL2 substrate by CSN2/CSN4, release of the catalytic CSN5/CSN6 heterodimer and finally activation of the CSN5 deneddylation machinery. Using hydrogen-deuterium exchange (HDX)-MS we show that CRL2 activates CSN5/CSN6 in a neddylation-independent manner. The presence of NEDD8 is required to activate the CSN5 active site. Overall, by synergising cryo-EM with MS, we identify sensory regions of the CSN that mediate its stepwise activation and provide a framework for understanding the regulatory mechanism of other Cullin family members.
履歴
登録2019年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年8月28日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-1.4705892 - 10.037419999999999
平均 (標準偏差)0.000000024428235 (±1.0000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-148-148-148
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 317.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z318.000318.000318.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ132132232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-148-148-148
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.47110.0370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of COP9 signalosome (CSN1-CSN8) with Cullin-Ring ...

全体名称: Ternary complex of COP9 signalosome (CSN1-CSN8) with Cullin-Ring E3 Ligase deneddylated Cullin-2, Rbx1, Elongin-B and ElonginC
要素
  • 複合体: Ternary complex of COP9 signalosome (CSN1-CSN8) with Cullin-Ring E3 Ligase deneddylated Cullin-2, Rbx1, Elongin-B and ElonginC
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B

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超分子 #1: Ternary complex of COP9 signalosome (CSN1-CSN8) with Cullin-Ring ...

超分子名称: Ternary complex of COP9 signalosome (CSN1-CSN8) with Cullin-Ring E3 Ligase deneddylated Cullin-2, Rbx1, Elongin-B and ElonginC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: COP9 signalosome complex subunit 1

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.253535 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VENPSLDLEQ YAASYSGLMR IERLQFIADH CPTLRVEALK MALSFVQRTF NVDMYEEIHR KLSEATRSSL RELQNAPDAI PESGVEPPA LDTAWVEATR KKALLKLEKL DTDLKNYKGN SIKESIRRGH DDLGDHYLDC GDLSNALKCY SRARDYCTSA K HVINMCLN ...文字列:
VENPSLDLEQ YAASYSGLMR IERLQFIADH CPTLRVEALK MALSFVQRTF NVDMYEEIHR KLSEATRSSL RELQNAPDAI PESGVEPPA LDTAWVEATR KKALLKLEKL DTDLKNYKGN SIKESIRRGH DDLGDHYLDC GDLSNALKCY SRARDYCTSA K HVINMCLN VIKVSVYLQN WSHVLSYVSK AESTPEIAEQ RGERDSQTQA ILTKLKCAAG LAELAARKYK QAAKCLLLAS FD HCDFPEL LSPSNVAIYG GLCALATFDR QELQRNVISS SSFKLFLELE PQVRDIIFKF YESKYASCLK MLDEMKDNLL LDM YLAPHV RTLYTQIRNR ALIQYFSPYV SADMHRMAAA FNTTVAALED ELTQLILEGL ISARVDSHSK ILYARDVDQR STTF EKSLL MGKEFQRRAK AMMLRAAVLR NQIHVKSP

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 1

+
分子 #2: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.485135 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDGEEKTYGG CEGPDAMYVK LISSDGHEFI VKREHALTSG TIKAMLSGPG QFAENETNEV NFREIPSHVL SKVCMYFTYK VRYTNSSTE IPEFPIAPEI ALELLMAANF LDC

UniProtKB: Elongin-C

+
分子 #3: Cullin-2

分子名称: Cullin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.520719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLEYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHVR HLHKRVLESE EQVLVMYHR YWEEYSKGAD YMDCLYRYLN TQFIKKNKLT EADLQYGYGG VDMNEPLMEI GELALDMWRK LMVEPLQAIL I RMLLREIK ...文字列:
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UniProtKB: Cullin-2

+
分子 #4: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.655229 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
KKRFEVKKWN AVALWAWDIV VDNCAICRNH IMDLCIECQA NQASATSEEC TVAWGVCNHA FHFHCISRWL KTRQVCPLDN REWEFQKYG H

+
分子 #5: COP9 signalosome complex subunit 2

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.212152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VDLENQYYNS KALKEDDPKA ALSSFQKVLE LEGEKGEWGF KALKQMIKIN FKLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDY ISTSKQMDLL QEFYETTLEA LKDAKNDRLW FKTNTKLGKL YLEREEYGKL QKILRQLHQS CQTDDGEDDL K KGTQLLEI ...文字列:
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UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 2

+
分子 #6: COP9 signalosome complex subunit 3

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.808816 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASALEQFVN SVRQLSAQGQ MTQLCELINK SGELLAKNLS HLDTVLGALD VQEHSLGVLA VLFVKFSMPS VPDFETLFSQ VQLFISTCN GEHIRYATDT FAGLCHQLTN ALVERKQPLR GIGILKQAID KMQMNTNQLT SIHADLCQLC LLAKCFKPAL P YLDVDMMD ...文字列:
MASALEQFVN SVRQLSAQGQ MTQLCELINK SGELLAKNLS HLDTVLGALD VQEHSLGVLA VLFVKFSMPS VPDFETLFSQ VQLFISTCN GEHIRYATDT FAGLCHQLTN ALVERKQPLR GIGILKQAID KMQMNTNQLT SIHADLCQLC LLAKCFKPAL P YLDVDMMD ICKENGAYDA KHFLCYYYYG GMIYTGLKNF ERALYFYEQA ITTPAMAVSH IMLESYKKYI LVSLILLGKV QQ LPKYTSQ IVGRFIKPLS NAYHELAQVY STNNPSELRN LVNKHSETFT RDNNMGLVKQ CLSSLYKKNI QRLTKTFLTL SLQ DMASRV QLSGPQEAEK YVLHMIEDGE IFASINQKDG MVSFHDNPEK YNNPAMLHNI DQEMLKCIEL DERLKAMDQE ITVN PQF

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 3

+
分子 #7: COP9 signalosome complex subunit 4

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.322688 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAAVRQDLA QLMNSSGSHK DLAGKYRQIL EKAIQLSGAE QLEALKAFVE AMVNENVSLV ISRQLLTDFC THLPNLPDST AKEIYHFTL EKIQPRVISF EEQVASIRQH LASIYEKEED WRNAAQVLVG IPLETGQKQY NVDYKLETYL KIARLYLEDD D PVQAEAYI ...文字列:
MAAAVRQDLA QLMNSSGSHK DLAGKYRQIL EKAIQLSGAE QLEALKAFVE AMVNENVSLV ISRQLLTDFC THLPNLPDST AKEIYHFTL EKIQPRVISF EEQVASIRQH LASIYEKEED WRNAAQVLVG IPLETGQKQY NVDYKLETYL KIARLYLEDD D PVQAEAYI NRASLLQNES TNEQLQIHYK VCYARVLDYR RKFIEAAQRY NELSYKTIVH ESERLEALKH ALHCTILASA GQ QRSRMLA TLFKDERCQQ LAAYGILEKM YLDRIIRGNQ LQEFAAMLMP HQKATTADGS SILDRAVIEH NLLSASKLYN NIT FEELGA LLEIPAAKAE KIASQMITEG RMNGFIDQID GIVHFETREA LPTWDKQIQS LCFQVNNLLE KISQTAPEWT AQAM EAQMA Q

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 4

+
分子 #8: COP9 signalosome complex subunit 5

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.184059 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SIDEIYKYDK KQQQEILAAK PWTKDHHYFK YCKISALALL KMVMHARSGG NLEVMGLMLG KVDGETMIIM DSFALPVEGT ETRVNAQAA AYEYMAAYIE NAKQVGRLEN AIGWYHSHPG YGCWLSGIDV STQMLNQQFQ EPFVAVVIDP TRTISAGKVN L GAFRTYPK ...文字列:
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UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 5

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分子 #9: COP9 signalosome complex subunit 6

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.507193 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SVMACGVTGS VSVALHPLVI LNISDHWIRM RSQEGRPVQV IGALIGKQEG RNIEVMNSFE LLSHTVEEKI IIDKEYYYTK EEQFKQVFK ELEFLGWYTT GGPPDPSDIH VHKQVCEIIE SPLFLKLNPM TKHTDLPVSV FESVIDIING EATMLFAELT Y TLATEEAE ...文字列:
SVMACGVTGS VSVALHPLVI LNISDHWIRM RSQEGRPVQV IGALIGKQEG RNIEVMNSFE LLSHTVEEKI IIDKEYYYTK EEQFKQVFK ELEFLGWYTT GGPPDPSDIH VHKQVCEIIE SPLFLKLNPM TKHTDLPVSV FESVIDIING EATMLFAELT Y TLATEEAE RIGVDHVARM TATGSGENST VAEHLIAQHS AIKMLHSRVK LILEYVKASE AGEVPFNHEI LREAYALCHC LP VLSTDKF KTDFYDQCND VGLMAYLGTI TKTCNTMNQF VNKFNVLYDR Q

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 6

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分子 #10: COP9 signalosome complex subunit 7b

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.429709 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
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UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 7b

+
分子 #11: COP9 signalosome complex subunit 8

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.258342 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGIY TTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT RMVLPRKPVA G ALDVSFNK ...文字列:
FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGIY TTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT RMVLPRKPVA G ALDVSFNK FIPLSEPAPV PPIPNEQQLA RLTDYVAFLE N

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 8

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分子 #12: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.748406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMK

UniProtKB: Elongin-B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 15 mM HEPES pH 7.5 100 mM NaCl 0.5 mM DTT 1% Glycerol
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 83.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17191
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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