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- EMDB-46816: PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46816
タイトルPDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV)
マップデータPDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), raw map
試料
  • 複合体: Complex of PDCoV S trimer with PD41 Fab
    • タンパク質・ペプチド: PDCoV Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: PD41 Fab variable heavy-chain
    • タンパク質・ペプチド: PD41 Fab variable light-chain
キーワードcoronavirus / spike / antibody / PDCoV / PD41 / complex / VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. ...Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Deltacoronavirus PDCoV/USA/Illinois121/2014 (ウイルス) / Porcine deltacoronavirus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Asarnow D / Rexhepaj M / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI167966 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DP1AI158186 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD032290 米国
Burroughs Wellcome Fund 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Isolation and escape mapping of broadly neutralizing antibodies against emerging delta-coronaviruses.
著者: Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / ...著者: Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / Miles S Dickinson / Joel Quispe / Jack T Brown / M Alejandra Tortorici / Kaitlin R Sprouse / Ashley L Taylor / Davide Corti / Tyler N Starr / Fabio Benigni / David Veesler /
要旨: Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are ...Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are approved for use in humans against PDCoV. To prepare for possible future PDCoV epidemics, we isolated PDCoV spike (S)-directed monoclonal antibodies (mAbs) from humanized mice and found that two, designated PD33 and PD41, broadly neutralized a panel of PDCoV variants. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of PD33 and PD41 in complex with the S receptor-binding domain (RBD) and ectodomain trimer revealed the epitopes recognized by these mAbs, rationalizing their broad inhibitory activity. We show that both mAbs competitively interfere with host aminopeptidase N binding to neutralize PDCoV and used deep-mutational scanning epitope mapping to associate RBD antigenic sites with mAb-mediated neutralization potency. Our results indicate a PD33-PD41 mAb cocktail may heighten the barrier to escape. PD33 and PD41 are candidates for clinical advancement against future PDCoV outbreaks.
履歴
登録2024年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), raw map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 432 pix.
= 360.72 Å		0.84 Å/pix.
x 432 pix.
= 360.72 Å		0.84 Å/pix.
x 432 pix.
= 360.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.079765595 - 0.18612039
平均 (標準偏差)0.00008009194 (±0.004646227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 360.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46816_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), sharpened map

ファイルemd_46816_additional_1.map
注釈PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), half map B

ファイルemd_46816_half_map_1.map
注釈PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), half map A

ファイルemd_46816_half_map_2.map
注釈PDCoV S SD2018/300 with two PD41 Fabs bound (Class IV), half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of PDCoV S trimer with PD41 Fab

全体名称: Complex of PDCoV S trimer with PD41 Fab
要素
  • 複合体: Complex of PDCoV S trimer with PD41 Fab
    • タンパク質・ペプチド: PDCoV Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: PD41 Fab variable heavy-chain
    • タンパク質・ペプチド: PD41 Fab variable light-chain

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超分子 #1: Complex of PDCoV S trimer with PD41 Fab

超分子名称: Complex of PDCoV S trimer with PD41 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Deltacoronavirus PDCoV/USA/Illinois121/2014 (ウイルス)
分子量理論値: 530 KDa

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分子 #1: PDCoV Spike glycoprotein

分子名称: PDCoV Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQRALLIMTL LCLVRAKFAD DLLDLLTFPG AHRFLHKLTS NSSSLYSRAN NFDVGVLPGY PTKNVNLFSP LTNSTLPING LHRSYQPLML NCLTKITNHT LSMYLLPSEI QTYSCGGAMV KYQTHDAVRI ILDLTVTDHI SVEVVGQHGE NYVFVCSEQF NYTTALHNST ...文字列:
MQRALLIMTL LCLVRAKFAD DLLDLLTFPG AHRFLHKLTS NSSSLYSRAN NFDVGVLPGY PTKNVNLFSP LTNSTLPING LHRSYQPLML NCLTKITNHT LSMYLLPSEI QTYSCGGAMV KYQTHDAVRI ILDLTVTDHI SVEVVGQHGE NYVFVCSEQF NYTTALHNST FFSLNSELYC FTNNTYLGIL PPDLTDFTVY RTGQFYANGY LLGTLPITVN YVRLYRGHLS ANSAHFALAN LTDTLITLTN TTISQITYCD KSVVDSIACQ RSSHEVEDGF YSDPKSAVRA RQRTIVTLPK LPELEVVQLN ISAHMDFGEA RLDSVTINGN TSYCVTKPYF RLETNFMCTG CTINLRTDTC SFDLSAVNNG MSFSQFCLST ESGACEMKIV VTYVWKYLLR QRLYVTAVEG QTHTGTTSVH AIDTSSVITD VCTDYTIYGV SGTGIIKPSD LLLHNGIAFT SPTGELYAFK NITTGKTLQV LPCETPSQLI VINNTVVGAI TSSNSTENNR FTTTIVTPTF FYSTNATTFN CTKPVLSYGP ISVCSDGAIV GTSTLQNTRP SIVSLYDGEV EIPSAFSLSV QTEYLQVQAE QVIVDCPQYV CNGNSRCLQL LAQYTSACSN IEAALHSSAQ LDSREIINMF QTSTQSLQLA NITNFKGDYN FSSILTTRLG GRSAIEDLLF NKVVTSGLGT VDQDYKACSR DMAIADLVCS QYYNGIMVLP GVVDAEKMAM YTGSLTGAMV FGGLTAAAAI PFATAVQARL NYVALQTNVL QENQKILAES FNQAVGNISL ALSSVNDAIQ QTSEALNTVA IAIKKIQTVV NQQGEALSHL TAQLSNNFQA ISTSIQDIYN RLEEVEANQQ VDRLITGRLA ALNAYVTQLL NQMSQIRQSR LLAQQKINEC VKSQSSRYGF CGNGTHIFSL TQTAPNGIFF MHAVLVPNKF TRVNASAGIC VDNTRGYSLQ PQLILYQFNN SWRVTPRNMY EPRLPRQADF IQLTDCSVTF YNTTAANLPN IIPDIIDVNQ TVSDIIDNLP TATPPQWDVG IYNNTILNLT VEINDLQERS KNLSQIADRL QNYIDNLNNT LVDLEWLNRV ETYLKWPGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGRSL EVLFQGPGSG GLNDIFEAQK IEWHEGSGHH HHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: PD41 Fab variable heavy-chain

分子名称: PD41 Fab variable heavy-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ATX
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
HSQLQESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIS SAGYYWNWIR QHPGKGLEWI GYIYYSGNTY YNPSLKSRVT ISVDTSKSQF SLKLNSVTAA DTAVYYCARK IVNWFDPWGQ GTLVTVSS

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分子 #3: PD41 Fab variable light-chain

分子名称: PD41 Fab variable light-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ATX
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSERPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYFC CSYAGYTTYV VFGGGTQLTV L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time 6 seconds, force -1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19556 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5732849
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 98683
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

6bfu

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: I, source_name: Other, initial_model_type: in silico modelABodyBuilder2
chain_id: M, source_name: Other, initial_model_type: in silico modelABodyBuilder2
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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