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- EMDB-44103: Structure of the Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-bindin... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44103
タイトルStructure of the Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to the PD33 antibody Fab fragment and the Kappa light chain nanobody
マップデータ
試料
  • 複合体: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to the PD33 antibody Fab fragment and the Kappa light chain nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: PD33 Fab kappa light chain
    • タンパク質・ペプチド: Kappa light chain nanobody
    • タンパク質・ペプチド: PD33 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSpike glycoprotein / fusion protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / viral neutralization / inhibitor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. ...Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Porcine deltacoronavirus (ウイルス) / Mus sp. (ネズミ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Park YJ / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Isolation and escape mapping of broadly neutralizing antibodies against emerging delta-coronaviruses.
著者: Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / ...著者: Megi Rexhepaj / Daniel Asarnow / Lisa Perruzza / Young-Jun Park / Barbara Guarino / Mathew Mccallum / Katja Culap / Christian Saliba / Giada Leoni / Alessio Balmelli / Courtney N Yoshiyama / Miles S Dickinson / Joel Quispe / Jack T Brown / M Alejandra Tortorici / Kaitlin R Sprouse / Ashley L Taylor / Davide Corti / Tyler N Starr / Fabio Benigni / David Veesler /
要旨: Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are ...Porcine delta-coronavirus (PDCoV) spillovers were recently detected in febrile children, underscoring the recurrent zoonoses of divergent CoVs. To date, no vaccines or specific therapeutics are approved for use in humans against PDCoV. To prepare for possible future PDCoV epidemics, we isolated PDCoV spike (S)-directed monoclonal antibodies (mAbs) from humanized mice and found that two, designated PD33 and PD41, broadly neutralized a panel of PDCoV variants. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of PD33 and PD41 in complex with the S receptor-binding domain (RBD) and ectodomain trimer revealed the epitopes recognized by these mAbs, rationalizing their broad inhibitory activity. We show that both mAbs competitively interfere with host aminopeptidase N binding to neutralize PDCoV and used deep-mutational scanning epitope mapping to associate RBD antigenic sites with mAb-mediated neutralization potency. Our results indicate a PD33-PD41 mAb cocktail may heighten the barrier to escape. PD33 and PD41 are candidates for clinical advancement against future PDCoV outbreaks.
履歴
登録2024年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 280 pix.
= 280. Å		1 Å/pix.
x 280 pix.
= 280. Å		1 Å/pix.
x 280 pix.
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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-6.6432257 - 8.375679
平均 (標準偏差)0.000705764 (±0.117831886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 280.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_44103_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44103_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44103_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to...

全体名称: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to the PD33 antibody Fab fragment and the Kappa light chain nanobody
要素
  • 複合体: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to the PD33 antibody Fab fragment and the Kappa light chain nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: PD33 Fab kappa light chain
    • タンパク質・ペプチド: Kappa light chain nanobody
    • タンパク質・ペプチド: PD33 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to...

超分子名称: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) receptor-binding domain bound to the PD33 antibody Fab fragment and the Kappa light chain nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine deltacoronavirus (ウイルス) / 株: Illinois strain IL121_2014
分子量理論値: 17.882471 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTPELEVVQL NISAHMDFGE ARLDSVTING NTSYCVTKPY FRLETNFMCT GCTMNLRTD TCSFDLSAVN NGMSFSQFCL STESGACEMK IIVTYVWNYL LRQRLYVTAV EGQTHTGLVP RGSGGSHHHH H HHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: PD33 Fab kappa light chain

分子名称: PD33 Fab kappa light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 24.164889 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YSDGNTFLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQGTHW PPTFGPGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YSDGNTFLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQGTHW PPTFGPGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #3: Kappa light chain nanobody

分子名称: Kappa light chain nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 17.252107 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKKTAIAIAV ALAGFATVAQ AAPMGSQVQL QESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGRTISRYAM SWFRQAPGKE REFVAVARRS GDGAFYADS VQGRFTVSRD DAKNTVYLQM NSLKPEDTAV YYCAIDSDTF YSGSYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHHHEPEA

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分子 #4: PD33 Fab heavy chain

分子名称: PD33 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus sp. (ネズミ)
分子量理論値: 23.680426 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS HYTMNWVRQA PGRGLEWVSS ITTSSNFIYY ADSVKGRFTI SRDNTKNSLY LQMNSLSAE DTAVYFCARG GWELSYFDFW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS HYTMNWVRQA PGRGLEWVSS ITTSSNFIYY ADSVKGRFTI SRDNTKNSLY LQMNSLSAE DTAVYFCARG GWELSYFDFW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PKSC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 564616
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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