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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4536 | |||||||||
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タイトル | Nanodisc reconstituted Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM)-EQ mutant in complex with UIC2 Fab and Zosuquidar. | |||||||||
マップデータ | Postprocessed map of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM)- EQ mutant in complex with UIC2 fab and zosuquidar | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Alam A | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Structural insight into substrate and inhibitor discrimination by human P-glycoprotein. 著者: Amer Alam / Julia Kowal / Eugenia Broude / Igor Roninson / Kaspar P Locher / 要旨: ABCB1, also known as P-glycoprotein, actively extrudes xenobiotic compounds across the plasma membrane of diverse cells, which contributes to cellular drug resistance and interferes with therapeutic ...ABCB1, also known as P-glycoprotein, actively extrudes xenobiotic compounds across the plasma membrane of diverse cells, which contributes to cellular drug resistance and interferes with therapeutic drug delivery. We determined the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structure of substrate-bound human ABCB1 reconstituted in lipidic nanodiscs, revealing a single molecule of the chemotherapeutic compound paclitaxel (Taxol) bound in a central, occluded pocket. A second structure of inhibited, human-mouse chimeric ABCB1 revealed two molecules of zosuquidar occupying the same drug-binding pocket. Minor structural differences between substrate- and inhibitor-bound ABCB1 sites are amplified toward the nucleotide-binding domains (NBDs), revealing how the plasticity of the drug-binding site controls the dynamics of the adenosine triphosphate-hydrolyzing NBDs. Ordered cholesterol and phospholipid molecules suggest how the membrane modulates the conformational changes associated with drug binding and transport. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4536.map.gz | 228.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4536-v30.xml emd-4536.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4536_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4536.png | 66 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4536 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4536 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4536_validation.pdf.gz | 294 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4536_full_validation.pdf.gz | 293.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4536_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4536 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4536 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM)- EQ mutant in complex with UIC2 fab and zosuquidar | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Nanodisc reconstituted ABCB1HM (human mouse chimeric ABCB1) EQ mu...
+超分子 #1: Nanodisc reconstituted ABCB1HM (human mouse chimeric ABCB1) EQ mu...
+超分子 #2: ABCB1HM
+超分子 #3: UIC2 Fab
+分子 #1: ABCB1HM-EQ
+分子 #2: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain
+分子 #3: UIC2 Antigen Binding Fragment Heavy Chain
+分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #5: Zosuquidar
+分子 #6: CHOLESTEROL
+分子 #7: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |