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- EMDB-4531: Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.83 Angstroms ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4531
タイトルCryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.83 Angstroms with modeled GBC SecM peptide
マップデータpostprocessed map
試料
  • 複合体: 50S ribosomal + GBC SecM peptide complex
    • 複合体: GBC SecM peptide
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: 50 ribosomal subunit
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
      • RNA: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / visual perception / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. ...: / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL5 ...Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Gamma-crystallin B / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Schulte L / Reitz J / Hodirnau VV / Kudlinzki D / Mao J / Glaubitz C / Frangakis A / Schwalbe H
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cysteine oxidation and disulfide formation in the ribosomal exit tunnel.
著者: Linda Schulte / Jiafei Mao / Julian Reitz / Sridhar Sreeramulu / Denis Kudlinzki / Victor-Valentin Hodirnau / Jakob Meier-Credo / Krishna Saxena / Florian Buhr / Julian D Langer / Martin ...著者: Linda Schulte / Jiafei Mao / Julian Reitz / Sridhar Sreeramulu / Denis Kudlinzki / Victor-Valentin Hodirnau / Jakob Meier-Credo / Krishna Saxena / Florian Buhr / Julian D Langer / Martin Blackledge / Achilleas S Frangakis / Clemens Glaubitz / Harald Schwalbe /
要旨: Understanding the conformational sampling of translation-arrested ribosome nascent chain complexes is key to understand co-translational folding. Up to now, coupling of cysteine oxidation, disulfide ...Understanding the conformational sampling of translation-arrested ribosome nascent chain complexes is key to understand co-translational folding. Up to now, coupling of cysteine oxidation, disulfide bond formation and structure formation in nascent chains has remained elusive. Here, we investigate the eye-lens protein γB-crystallin in the ribosomal exit tunnel. Using mass spectrometry, theoretical simulations, dynamic nuclear polarization-enhanced solid-state nuclear magnetic resonance and cryo-electron microscopy, we show that thiol groups of cysteine residues undergo S-glutathionylation and S-nitrosylation and form non-native disulfide bonds. Thus, covalent modification chemistry occurs already prior to nascent chain release as the ribosome exit tunnel provides sufficient space even for disulfide bond formation which can guide protein folding.
履歴
登録2019年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qdw
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4531.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å		1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å		1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.002 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.12147854 - 0.25678262
平均 (標準偏差)-0.00002725496 (±0.0061593372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 503.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000504.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.1210.257-0.000

-
添付データ

-
追加マップ: masked postprocessed map

ファイルemd_4531_additional.map
注釈masked postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EM Half map 2

ファイルemd_4531_half_map_1.map
注釈EM Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EM Half map 1

ファイルemd_4531_half_map_2.map
注釈EM Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : 50S ribosomal + GBC SecM peptide complex

全体名称: 50S ribosomal + GBC SecM peptide complex
要素
  • 複合体: 50S ribosomal + GBC SecM peptide complex
    • 複合体: GBC SecM peptide
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-crystallin B
    • 複合体: 50 ribosomal subunit
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • RNA: 5S rRNA
      • RNA: 23S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • RNA: glycine-tRNA glyT
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27

+
超分子 #1: 50S ribosomal + GBC SecM peptide complex

超分子名称: 50S ribosomal + GBC SecM peptide complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32

+
超分子 #2: GBC SecM peptide

超分子名称: GBC SecM peptide / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #32
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #3: 50 ribosomal subunit

超分子名称: 50 ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: SRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLRVSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 9.027551 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLR VSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 6.55482 KDa
配列文字列:
MAKTIKITQT RSAIGRLPKH KATLLGLGLR RIGHTVERED TPAIRGMINA VSFMVKVEE

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 6.463445 KDa
配列文字列:
MAVQQNKPTR SKRGMRRSHD ALTAVTSLSV DKTSGEKHLR HHITADGYYR GRKVIAK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 7.313032 KDa
配列文字列:
MPKIKTVRGA AKRFKKTGKG GFKHKHANLR HILTKKATKR KRHLRPKAMV SKGDLGLVIA CLPYA

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 22.277535 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 20.333611 KDa
配列文字列:
MAKLHDYYKD EVVKKLMTEF NYNSVMQVPR VEKITLNMGV GEAIADKKLL DNAAADLAAI SGQKPLITKA RKSVAGFKIR QGYPIGCKV TLRGERMWEF FERLITIAVP RIRDFRGLSA KSFDGRGNYS MGVREQIIFP EIDYDKVDRV RGLDITITTT A KSDEEGRA LLAAFDFPFR K

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 18.932791 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVV VPAGVDVKIN GQVITIKGKN GELTRTLNDA VEVKHADNTL TFGPRDGYAD GWAQAGTARA LLNSMVIGVT EGFTKKLQL VGVGYRAAVK GNVINLSLGF SHPVDHQLPA GITAECPTQT EIVLKGADKQ VIGQVAADLR AYRRPEPYKG K GVRYADEV VRTKEAKKK

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 14.994443 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEVRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 15.312269 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV RMGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 13.159278 KDa
配列文字列:
MSNIIKQLEQ EQMKQDVPSF RPGDTVEVKV WVVEGSKKRL QAFEGVVIAI RNRGLHSAFT VRKISNGEGV ERVFQTHSPV VDSISVKRR GAVRKAKLYY LRERTGKAAR IKERLN

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 13.528024 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RARHKKILKQ AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRQL WIARINAAAR QNGISYSKFI NGLKKASVE IDRKILADIA VFDKVAFTAL VEKAKAALA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 11.33925 KDa
配列文字列:
MAAKIRRDDE VIVLTGKDKG KRGKVKNVLS SGKVIVEGIN LVKKHQKPVP ALNQPGGIVE KEAAIQVSNV AIFNAATGKA DRVGFRFED GKKVRFFKSN SETIK

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

+
分子 #32: Gamma-crystallin B

分子名称: Gamma-crystallin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.15797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGHHHHHHHH HHMGKITFYE DRGFQGHCYE CSSDCPNLQP YFSRCFSTPV WISQAQGIRA G

+
分子 #9: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

+
分子 #10: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 942.342938 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACAG AGCAAUCUGU GUGACU GCG UACCUUUUGU AUAAUGGGUC AGCGACUUAU AUUCUGUAGC AAGGUUAACC GAAUAGGGGA GCCGAAGGGA AACCGAG UC UUAACUGGGC GUUAAGUUGC AGGGUAUAGA CCCGAAACCC GGUGAUCUAG CCAUGGGCAG GUUGAAGGUU GGGUAACA C UAACUGGAGG ACCGAACCGA CUAAUGUUGA AAAAUUAGCG GAUGACUUGU GGCUGGGGGU GAAAGGCCAA UCAAACCGG GAGAUAGCUG GUUCUCCCCG AAAGCUAUUU AGGUAGCGCC UCGUGAAUUC AUCUCCGGGG GUAGAGCACU GUUUCGGCAA GGGGGUCAU CCCGACUUAC CAACCCGAUG CAAACUGCGA AUACCGGAGA AUGUUAUCAC GGGAGACACA CGGCGGGUGC U AACGUCCG UCGUGAAGAG GGAAACAACC CAGACCGCCA GCUAAGGUCC CAAAGUCAUG GUUAAGUGGG AAACGAUGUG GG AAGGCCC AGACAGCCAG GAUGUUGGCU UAGAAGCAGC CAUCAUUUAA AGAAAGCGUA AUAGCUCACU GGUCGAGUCG GCC UGCGCG GAAGAUGUAA CGGGGCUAAA CCAUGCACCG AAGCUGCGGC AGCGACGCUU AUGCGUUGUU GGGUAGGGGA GCGU UCUGU AAGCCUGUGA AGGUGUGCUG UGAGGCAUGC UGGAGGUAUC AGAAGUGCGA AUGCUGACAU AAGUAACGAU AAAGC GGGU GAAAAGCCCG CUCGCCGGAA GACCAAGGGU UCCUGUCCAA CGUUAAUCGG GGCAGGGUGA GUCGACCCCU AAGGCG AGG CCGAAAGGCG UAGUCGAUGG GAAACAGGUU AAUAUUCCUG UACUUGGUGU UACUGCGAAG GGGGGACGGA GAAGGCU AU GUUGGCCGGG CGACGGUUGU CCCGGUUUAA GCGUGUAGGC UGGUUUUCCA GGCAAAUCCG GAAAAUCAAG GCUGAGGC G UGAUGACGAG GCACUACGGU GCUGAAGCAA CAAAUGCCCU GCUUCCAGGA AAAGCCUCUA AGCAUCAGGU AACAUCAAA UCGUACCCCA AACCGACACA GGUGGUCAGG UAGAGAAUAC CAAGGCGCUU GAGAGAACUC GGGUGAAGGA ACUAGGCAAA AUGGUGCCG UAACUUCGGG AGAAGGCACG CUGAUAUGUA GGUGAGGUCC CUCGCGGAUG GAGCUGAAAU CAGUCGAAGA U ACCAGCUG GCUGCAACUG UUUAUUAAAA ACACAGCACU GUGCAAACAC GAAAGUGGAC GUAUACGGUG UGACGCCUGC CC GGUGCCG GAAGGUUAAU UGAUGGGGUU AGCGGUAACG CGAAGCUCUU GAUCGAAGCC CCGGUAAACG GCGGCCGUAA CUA UAACGG UCCUAAGGUA GCGAAAUUCC UUGUCGGGUA AGUUCCGACC UGCACGAAUG GCGUAAUGAU GGCCAGGCUG UCUC CACCC GAGACUCAGU GAAAUUGAAC UCGCUGUGAA GAUGCAGUGU ACCCGCGGCA AGACGGAAAG ACCCCGUGAA CCUUU ACUA UAGCUUGACA CUGAACAUUG AGCCUUGAUG UGUAGGAUAG GUGGGAGGCU UUGAAGUGUG GACGCCAGUC UGCAUG GAG CCGGCCUUGA AAUACCACCC UUUAAUGUUU GAUGUUCUAA CGUUGGCCCC UGAUCGGGGU UGCGGACAGU GUCUGGU GG GUAGUUUGAC UGGGGCGGUC UCCUCCUAAA GAGUAACGGA GGAGCACGAA GGUUGGCUAA UCCUGGUCGG ACAUCAGG A GGUUAGUGCA AUGGCAUAAG CCAGCUUGAC UGCGAGCGUG ACGGCGCGAG CAGGUGCGAA AGCAGGUCAU AGUGAUCCG GUGGUUCUGA AUGGAAGGGC CAUCGCUCAA CGGAUAAAAG GUACUCCGGG GAUAACAGGC UGAUACCGCC CAAGAGUUCA UAUCGACGG CGGUGUUUGG CACCUCGAUG UCGGCUCAUC ACAUCCUGGG GCUGAAGUAG GUCCCAAGGG UAUGGCUGUU C GCCAUUUA AAGUGGUACG CGAGCUGGGU UUAGAACGUC GUGAGACAGU UCGGUCCCUA UCUGCCGUGG GCGCUGGAGA AC UGAGGGG GGCUGCUCCU AGUACGAGAG GACCGGAGUG GACGCAUCAC UGGUGUUCGG GUUGUCAUGC CAAUGGCACU GCC CGGUAG CUAAAUGCGG AAGAGAUAAG UGCUGAAAGC AUCUAAGCAC GAAACUUGCC CCGAGAUGAG UUCUCCCUGA CUCC UUGAG AGUCCUGAAG GAACGUUGAA GACGACGACG UUGAUAGGCC GGGUGUGUAA GCGCAGCGAU GCGUUGAGCU AACCG GUAC UAAUGAACCG UGAGGCUUAA CC

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分子 #29: glycine-tRNA glyT

分子名称: glycine-tRNA glyT / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 23.935143 KDa
配列文字列:
GCGGGCAUCG UAUAAUGGCU AUUACCUCAG CCUUCCAAGC UGAUGAUGCG GGUUCGAUUC CCGCUGCCCG CUCCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
30.0 mMNH4CLAmmonium chloride
12.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)

詳細: Tico Buffer
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3jbu

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 196254
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jbu

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6qdw:
Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.83 Angstroms with modeled GBC SecM peptide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る