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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4520 | |||||||||
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タイトル | EM structure of a EBOV-GP bound to 3T0331 neutralizing antibody | |||||||||
マップデータ | Local filtered map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ebola virus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Diskin R / Cohen-Dvashi H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Med / 年: 2019 タイトル: Polyclonal and convergent antibody response to Ebola virus vaccine rVSV-ZEBOV. 著者: Stefanie A Ehrhardt / Matthias Zehner / Verena Krähling / Hadas Cohen-Dvashi / Christoph Kreer / Nadav Elad / Henning Gruell / Meryem S Ercanoglu / Philipp Schommers / Lutz Gieselmann / Ralf ...著者: Stefanie A Ehrhardt / Matthias Zehner / Verena Krähling / Hadas Cohen-Dvashi / Christoph Kreer / Nadav Elad / Henning Gruell / Meryem S Ercanoglu / Philipp Schommers / Lutz Gieselmann / Ralf Eggeling / Christine Dahlke / Timo Wolf / Nico Pfeifer / Marylyn M Addo / Ron Diskin / Stephan Becker / Florian Klein / 要旨: Recombinant vesicular stomatitis virus-Zaire Ebola virus (rVSV-ZEBOV) is the most advanced Ebola virus vaccine candidate and is currently being used to combat the outbreak of Ebola virus disease (EVD) ...Recombinant vesicular stomatitis virus-Zaire Ebola virus (rVSV-ZEBOV) is the most advanced Ebola virus vaccine candidate and is currently being used to combat the outbreak of Ebola virus disease (EVD) in the Democratic Republic of the Congo (DRC). Here we examine the humoral immune response in a subset of human volunteers enrolled in a phase 1 rVSV-ZEBOV vaccination trial by performing comprehensive single B cell and electron microscopy structure analyses. Four studied vaccinees show polyclonal, yet reproducible and convergent B cell responses with shared sequence characteristics. EBOV-targeting antibodies cross-react with other Ebolavirus species, and detailed epitope mapping revealed overlapping target epitopes with antibodies isolated from EVD survivors. Moreover, in all vaccinees, we detected highly potent EBOV-neutralizing antibodies with activities comparable or superior to the monoclonal antibodies currently used in clinical trials. These include antibodies combining the IGHV3-15/IGLV1-40 immunoglobulin gene segments that were identified in all investigated individuals. Our findings will help to evaluate and direct current and future vaccination strategies and offer opportunities for novel EVD therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4520.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4520-v30.xml emd-4520.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4520_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4520.png | 174 KB | ||
その他 | emd_4520_half_map_1.map.gz emd_4520_half_map_2.map.gz | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4520 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4520_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4520_full_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4520_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4520 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local filtered map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_4520_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_4520_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : EBOV-GP in complex with neutralizing 3T0331 antibody
全体 | 名称: EBOV-GP in complex with neutralizing 3T0331 antibody |
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要素 |
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-超分子 #1: EBOV-GP in complex with neutralizing 3T0331 antibody
超分子 | 名称: EBOV-GP in complex with neutralizing 3T0331 antibody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: EBOV-GP
超分子 | 名称: EBOV-GP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-超分子 #3: neutralizing 3T0331 antibody
超分子 | 名称: neutralizing 3T0331 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Light chain
分子 | 名称: Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.310885 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS TYLAWYQHQP GQAPRLLIYE ASNRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLEP EDVAVYYCQ QRASWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS TYLAWYQHQP GQAPRLLIYE ASNRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLEP EDVAVYYCQ QRASWPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #2: Heavy chain
分子 | 名称: Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.673553 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCEASGFPLR DYAMSWVRQA PGRGLQWVST IGGNDNAANY ADSVKGRFTV SRDNSKSTIY LQMNSLRAE DTALYFCAKS VRLSRPSPFD LWGQGSLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: EVQLLESGGG LVQPGGSLRL SCEASGFPLR DYAMSWVRQA PGRGLQWVST IGGNDNAANY ADSVKGRFTV SRDNSKSTIY LQMNSLRAE DTALYFCAKS VRLSRPSPFD LWGQGSLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSC |
-分子 #3: Envelope glycoprotein,Virion spike glycoprotein,EBOV-GP1
分子 | 名称: Envelope glycoprotein,Virion spike glycoprotein,EBOV-GP1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 34.887578 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSRSIPLGVI HNSALQVSDV DKLVCRDKLS STNQLRSVGL NLEGNGVATD VPSATKRWGF RSGVPPKVVN YEAGEWAENC YNLEIKKPD GSECLPAAPD GIRGFPRCRY VHKVSGTGPC AGDFAFHKEG AFFLYDRLAS TVIYRGTTFA EGVVAFLILP Q AKKDFFSS ...文字列: GSRSIPLGVI HNSALQVSDV DKLVCRDKLS STNQLRSVGL NLEGNGVATD VPSATKRWGF RSGVPPKVVN YEAGEWAENC YNLEIKKPD GSECLPAAPD GIRGFPRCRY VHKVSGTGPC AGDFAFHKEG AFFLYDRLAS TVIYRGTTFA EGVVAFLILP Q AKKDFFSS HPLREPVNAT EDPSSGYYST TIRYQATGFG TNETEYLFEV DNLTYVQLES RFTPQFLLQL NETIYTSGKR SN TTGKLIW KVNPEIDTTI GEWAFWETKK NLTRKIRSEE LSFTVV(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #4: Envelope glycoprotein
分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.989391 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYIEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF L GTHHHHHH |
-分子 #6: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 27.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |