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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44845 | |||||||||
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タイトル | V0-only V-ATPase in synaptophysin gene knock-out mouse brain isolated synaptic vesicles | |||||||||
マップデータ | Full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs. | |||||||||
試料 |
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キーワード | V0only V-ATPase / synaptic vesicle / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Transferrin endocytosis and recycling / Insulin receptor recycling / transporter activator activity / eye pigmentation / central nervous system maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex ...Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Transferrin endocytosis and recycling / Insulin receptor recycling / transporter activator activity / eye pigmentation / central nervous system maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning / RHOA GTPase cycle / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / cellular response to increased oxygen levels / intracellular organelle / ROS and RNS production in phagocytes / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / P-type proton-exporting transporter activity / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / regulation of MAPK cascade / ATPase activator activity / autophagosome membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / transmembrane transporter complex / endomembrane system / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / proton transmembrane transport / transmembrane transport / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / synaptic vesicle / signaling receptor activity / ATPase binding / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / endosome membrane / endosome / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / axon / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Jiang W / Yang K / Wang X / Guo Q / Brunger AT | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structure and topography of the synaptic V-ATPase-synaptophysin complex. 著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard G Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang ...著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard G Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / Michael H B Stowell / Wolfgang Baumeister / Qiang Guo / Axel T Brunger / 要旨: Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here we discovered a ...Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here we discovered a well-defined interface between the synaptic vesicle V-ATPase and synaptophysin by in situ cryo-electron tomography and single-particle cryo-electron microscopy of functional synaptic vesicles isolated from mouse brains. The synaptic vesicle V-ATPase is an ATP-dependent proton pump that establishes the proton gradient across the synaptic vesicle, which in turn drives the uptake of neurotransmitters. Synaptophysin and its paralogues synaptoporin and synaptogyrin belong to a family of abundant synaptic vesicle proteins whose function is still unclear. We performed structural and functional studies of synaptophysin-knockout mice, confirming the identity of synaptophysin as an interaction partner with the V-ATPase. Although there is little change in the conformation of the V-ATPase upon interaction with synaptophysin, the presence of synaptophysin in synaptic vesicles profoundly affects the copy number of V-ATPases. This effect on the topography of synaptic vesicles suggests that synaptophysin assists in their biogenesis. In support of this model, we observed that synaptophysin-knockout mice exhibit severe seizure susceptibility, suggesting an imbalance of neurotransmitter release as a physiological consequence of the absence of synaptophysin. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44845.map.gz | 86.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44845-v30.xml emd-44845.xml | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_44845.png | 156.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44845.cif.gz | 7.8 KB | ||
その他 | emd_44845_additional_1.map.gz emd_44845_additional_2.map.gz emd_44845_half_map_1.map.gz emd_44845_half_map_2.map.gz | 81.9 MB 71.3 MB 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44845 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44845_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44845_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44845_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44845_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44845 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bryMC 9braC 9brqC 9brrC 9brsC 9brtC 9bruC 9brzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: EMhancer full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
ファイル | emd_44845_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EMhancer full map of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_44845_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
ファイル | emd_44845_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs.
ファイル | emd_44845_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of V0-only V-ATPase in SYP-KO ISVs. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic syn...
+超分子 #1: Syptophysin gene knock-out mouse brain isolated glutamatergic syn...
+分子 #1: V-type proton ATPase subunit S1
+分子 #2: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
+分子 #3: V-type proton ATPase subunit d 1
+分子 #4: Ribonuclease kappa
+分子 #5: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
+分子 #6: Renin receptor cytoplasmic fragment
+分子 #7: V-type proton ATPase subunit e 2
+分子 #8: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
+分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #12: beta-D-mannopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The specimen state should be an intact subcellular component. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53390 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
詳細 | The initial model is the model of wild-type V0-only V-ATPase. For fitting and refinement details, see https://doi.org/10.1038/s41586-024-07610-x. |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-9bry: |