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万見
- EMDB-4461: High resolution electron cryo-microscopy structure of the bacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4461
タイトルHigh resolution electron cryo-microscopy structure of the bacteriophage PR772
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacteriophage PR772
    • タンパク質・ペプチド: Major Capsid Protein (P3)
    • タンパク質・ペプチド: Minor Capsid Protein (P30)
    • タンパク質・ペプチド: Infectivity Protein (P16)
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
キーワードPhage / Tectiviridae / Membrane / double-barrel / helix turn helix / helix with a kink / beta-propeller / heteropentamer / penton / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / membrane
類似検索 - 分子機能
Tectiviridae, minor capsid / Tectiviridae, minor capsid / Domain of unknown function (DUF1970) / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Bacteriophage PRD1, P3 / Bacteriophage PRD1, P3, N-terminal ...Tectiviridae, minor capsid / Tectiviridae, minor capsid / Domain of unknown function (DUF1970) / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage PRD1, spike protein P5, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Bacteriophage PRD1, P5, spike N-terminal / Bacteriophage PRD1, P3 / Bacteriophage PRD1, P3, N-terminal / P3 major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Infectivity protein / Minor capsid protein / Major capsid protein / Spike / Penton
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Narayana Reddy HK / Svenda M
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council628-20081109822-2010-6157, 822-2012-5260 and 828-2012-108 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW-2011.081 スウェーデン
European Research CouncilERC-291602 スウェーデン
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Electron cryo-microscopy of bacteriophage PR772 reveals the elusive vertex complex and the capsid architecture.
著者: Hemanth Kn Reddy / Marta Carroni / Janos Hajdu / Martin Svenda /
要旨: Bacteriophage PR772, a member of the family, has a 70 nm diameter icosahedral protein capsid that encapsulates a lipid membrane, dsDNA, and various internal proteins. An icosahedrally averaged ...Bacteriophage PR772, a member of the family, has a 70 nm diameter icosahedral protein capsid that encapsulates a lipid membrane, dsDNA, and various internal proteins. An icosahedrally averaged CryoEM reconstruction of the wild-type virion and a localized reconstruction of the vertex region reveal the composition and the structure of the vertex complex along with new protein conformations that play a vital role in maintaining the capsid architecture of the virion. The overall resolution of the virion is 2.75 Å, while the resolution of the protein capsid is 2.3 Å. The conventional penta-symmetron formed by the capsomeres is replaced by a large vertex complex in the pseudo T = 25 capsid. All the vertices contain the host-recognition protein, P5; two of these vertices show the presence of the receptor-binding protein, P2. The 3D structure of the vertex complex shows interactions with the viral membrane, indicating a possible mechanism for viral infection.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Electron cryo-microscopy of Bacteriophage PR772 reveals the composition and structure of the elusive vertex complex and the capsid architecture
著者: Narayana Reddy HK / Hajdu J / Carroni M / Svenda M
履歴
登録2018年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6q5u
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6q5u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 858 pix.
= 909.48 Å		1.06 Å/pix.
x 858 pix.
= 909.48 Å		1.06 Å/pix.
x 858 pix.
= 909.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 2.5 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-6.6406617 - 16.194255999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000001106 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ858858858
Spacing858858858
セルA=B=C: 909.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z858858858
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z909.480909.480909.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ858858858
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS858858858
D min/max/mean-6.64116.194-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage PR772

全体名称: Bacteriophage PR772
要素
  • 複合体: Bacteriophage PR772
    • タンパク質・ペプチド: Major Capsid Protein (P3)
    • タンパク質・ペプチド: Minor Capsid Protein (P30)
    • タンパク質・ペプチド: Infectivity Protein (P16)
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein

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超分子 #1: Bacteriophage PR772

超分子名称: Bacteriophage PR772 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Wild type
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
分子量理論値: 86 MDa

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分子 #1: Major Capsid Protein (P3)

分子名称: Major Capsid Protein (P3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
分子量理論値: 43.505492 KDa
配列文字列: MAQVQQLTPA QQAALRNQQA MAANLQARQI VLQQSYPVIQ QVETQTFDPA NRSVFDVTPA NVGIVKGFLV KVTAAIKNNH ATEAVALTD FGPANLVQRV IYYDPDNQRH TETSGWHLHF VNTAKQGAPF LSSMVTDSPI KYGDVMNVID APATIAAGAT G ELTMYYWV ...文字列:
MAQVQQLTPA QQAALRNQQA MAANLQARQI VLQQSYPVIQ QVETQTFDPA NRSVFDVTPA NVGIVKGFLV KVTAAIKNNH ATEAVALTD FGPANLVQRV IYYDPDNQRH TETSGWHLHF VNTAKQGAPF LSSMVTDSPI KYGDVMNVID APATIAAGAT G ELTMYYWV PLAYSETDLT GAVLANVPQS KQRLKLEFAN NNTAFAAVGA NPLEAIYQGA GAADCEFEEI SYTVYQSYLD QL PVGQNGY ILPLIDLSTL YNLENSAQAG LTPNVDFVVQ YANLYRYLST IAVFDNGGSF NAGTDINYLS QRTANFSDTR KLD PKTWAA QTRRRIATDF PKGVYYCDNR DKPIYTLQYG NVGFVVNPKT VNQNARLLMG YEYFTSRTEL VNAGTISTT

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Minor Capsid Protein (P30)

分子名称: Minor Capsid Protein (P30) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
分子量理論値: 9.275559 KDa
配列文字列:
MALINPQFPY AGPVPIPGPA PTETMPLLNY RVEGRIAGIQ QARQFMPFLQ GPHREVAEQT YYAIGTGIQM GQTFNQPLIN TQEG

UniProtKB: Minor capsid protein

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分子 #3: Infectivity Protein (P16)

分子名称: Infectivity Protein (P16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
分子量理論値: 12.616262 KDa
配列文字列:
MDKKKLLYWV GGGLVLIIIW LWFRNRPAAQ VASNWEGPPY MTYNQPQAGS VTLPVAGYTS PSLTLPNRNR SCGCNPAVSA AMAQGADLA SKLTESISSQ LNNYAESLND YLASQAGV

UniProtKB: Infectivity protein

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分子 #4: Spike protein

分子名称: Spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
分子量理論値: 34.483898 KDa
配列文字列: MANQQIGGST VTYNGAIPMG GPVAINSVIE IAGTEVLVDL KLDYATGKIS GVQTLYIDLR DFLGDVTVTM PDTGQRITAR AGTQGYYPV LSTNLMKFIV SATIDGKFPM NFINFPIALG VWPSGIKGDK GDPGAPGPAG GTVVVEDSGA SFGESLLDTT S EPGKILVK ...文字列:
MANQQIGGST VTYNGAIPMG GPVAINSVIE IAGTEVLVDL KLDYATGKIS GVQTLYIDLR DFLGDVTVTM PDTGQRITAR AGTQGYYPV LSTNLMKFIV SATIDGKFPM NFINFPIALG VWPSGIKGDK GDPGAPGPAG GTVVVEDSGA SFGESLLDTT S EPGKILVK RISGGSGITV TDYGDEVEIE ASGGGGGGGG VTDALSLMYS TSTGGPASIA ANALTDFDLS GALTVNTVGT GL TKSAAGI QLAAGKSGLY QITMTVKNNT VTTGNYLLRV KYGSSDFVVA CPASSLTAGG TISLLIYCDV LGVPSLDVLK FSL CNDGAA LSNYIINITA AKIN

UniProtKB: Spike

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分子 #5: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PR772 (ファージ)
分子量理論値: 13.757388 KDa
配列文字列:
MNVNNPNQMT VTPVYNGCDS GEGPQSVRGY FDAVAGENVK YDLTYLADTQ GFTGVQCIYI DNAENDGAFE IDVEETGQRI KCPAGKQGY FPLLVPGRAK FVARHLGSGK KSVPLFFLNF TIAQGVW

UniProtKB: Penton

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3200 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 56000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.8.9.1)
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 104.93
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6q5u:
High resolution electron cryo-microscopy structure of the bacteriophage PR772

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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