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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44249 | |||||||||||||||
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タイトル | GluA2 flip Q in complex with TARPgamma2 at pH8, class1, structure of NTD | |||||||||||||||
マップデータ | GluA2 flip Q in complex with TARPgamma2 at pH8, class1, structure of NTD | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | AMPA receptor / ionotropic glutamate receptor / ion channel / auxiliary subunit / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nakagawa T / Greger IH | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Proton-triggered rearrangement of the AMPA receptor N-terminal domains impacts receptor kinetics and synaptic localization 著者: Ivica J / Kejzar N / Ho H / Stockwell I / Kuchtiak V / Scrutton AM / Nakagawa T / Greger IH | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44249.map.gz | 166.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44249-v30.xml emd-44249.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44249_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44249.png | 117.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44249.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_44249_additional_1.map.gz emd_44249_half_map_1.map.gz emd_44249_half_map_2.map.gz | 165 MB 140.6 MB 140.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44249 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44249 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9b68MC 9b5zC 9b60C 9b61C 9b63C 9b64C 9b67C 9b69C 9b6aC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | GluA2 flip Q in complex with TARPgamma2 at pH8, class1, structure of NTD | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: un-sharpened map: GluA2 flip Q in complex with...
ファイル | emd_44249_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | un-sharpened map: GluA2 flip Q in complex with TARPgamma2 at pH8, class1, structure of NTD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 map: GluA2 flip Q in complex with...
ファイル | emd_44249_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 map: GluA2 flip Q in complex with TARPgamma2 at pH8, class1, structure of NTD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 map: GluA2 flip Q in complex with...
ファイル | emd_44249_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 map: GluA2 flip Q in complex with TARPgamma2 at pH8, class1, structure of NTD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GluA2 (flip-Q isoform) in complex with TARPgamma2 at 4:4 stoichiometry
全体 | 名称: GluA2 (flip-Q isoform) in complex with TARPgamma2 at 4:4 stoichiometry |
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要素 |
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-超分子 #1: GluA2 (flip-Q isoform) in complex with TARPgamma2 at 4:4 stoichiometry
超分子 | 名称: GluA2 (flip-Q isoform) in complex with TARPgamma2 at 4:4 stoichiometry タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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分子量 | 理論値: 500 KDa |
-超分子 #2: GluA2 (flip-Q isoform)
超分子 | 名称: GluA2 (flip-Q isoform) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-超分子 #3: TARPgamma2
超分子 | 名称: TARPgamma2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Isoform Flip of Glutamate receptor 2
分子 | 名称: Isoform Flip of Glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: A FLAG epitope tag is inserted near the C-terminus / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 99.617492 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA ...文字列: MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA AEKKWQVTAI NVGNINNDKK DETYRSLFQD LELKKERRVI LDCERDKVND IVDQVITIGK HVKGYHYIIA NL GFTDGDL LKIQFGGANV SGFQIVDYDD SLVSKFIERW STLEEKEYPG AHTATIKYTS ALTYDAVQVM TEAFRNLRKQ RIE ISRRGN AGDCLANPAV PWGQGVEIER ALKQVQVEGL SGNIKFDQNG KRINYTINIM ELKTNGPRKI GYWSEVDKMV VTLT ELPSG NDTSGLENKT VVVTTILESP YVMMKKNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKI WNGM VGELVYGKAD IAIAPLTITL VREEVIDFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVV LFL VSRFSPYEWH TEEFEDGRET QSSESTNEFG IFNSLWFSLG AFMQQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTAN LA AFLTVERMVS PIESAEDLSK QTEIAYGTLD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGK Y AYLLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYDIATPKGS SLGTPVNLAV LKLSEQGVLD KLKNKWWYDK GECGAKDSG SKEKTSALSL SNVAGVFYIL VGGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKVAK NPQNINPSSS QNSQNFATDY KDDDDKEGYN VYGIESVKI UniProtKB: Glutamate receptor 2 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Tris adjusted to pH 8 using HCl | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21898 / 平均電子線量: 52.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |