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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 432d | ||||||||||||||||||
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タイトル | D(GGCCAATTGG) COMPLEXED WITH DAPI | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DNA-DRUG COMPLEX / TRIPLET FORMATION / 4' / 6-DIAMIDINO-2-PHENYL INDOLE / DAPI / MINOR GROOVE BINDER | 機能・相同性 | 6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å | データ登録者 | Vlieghe, D. / Van Meervelt, L. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 | タイトル: Crystal structure of d(GGCCAATTGG) complexed with DAPI reveals novel binding mode. 著者: Vlieghe, D. / Sponer, J. / Van Meervelt, L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 432d.cif.gz | 23 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb432d.ent.gz | 14.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 432d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 432d_validation.pdf.gz | 592.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 432d_full_validation.pdf.gz | 598.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 432d_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 432d_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/32/432d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/32/432d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-DAP / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→10 Å / Num. all: 4106 / Num. obs: 4106 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.78 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 5.55 / % possible all: 95.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 4115 / Num. measured all: 24368 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: BD0006 USED AS STARTING MODEL FOR REFINEMENT 解像度: 1.89→10 Å / Num. parameters: 2051 / Num. restraintsaints: 2080 / 交差検証法: NONE StereochEM target val spec case: DAPI DICTIONARY BASED ON CSD 立体化学のターゲット値: TAYLOR AND KENNARD /
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Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 512 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→10 Å
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拘束条件 |
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