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- EMDB-42431: Structure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42431
タイトルStructure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody
マップデータDeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: Protein with a nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody
  • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
  • リガンド: (4S)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}-4-(4,4,4-trifluorobutyl)pyrrolidin-2-one
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]
キーワードSynaptic vesicle / SLC22 / Inhibitor / Nanobody / AEDs / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle priming / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / GABA-ergic synapse / neuromuscular junction ...regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle priming / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / GABA-ergic synapse / neuromuscular junction / synaptic vesicle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell junction / synaptic vesicle / neuron projection / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptic vesicle protein SV2 / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptic vesicle glycoprotein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mittal A / Martin MF / Levin E / Adams C / Yang M / Ledecq M / Horanyi PS / Coleman JA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Brain & Behavior Research Foundation30153 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of synaptic vesicle protein 2A and 2B bound to anticonvulsants.
著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / ...著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / Michel Gillard / Peter S Horanyi / Jonathan A Coleman /
要旨: Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane ...Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane protein found in the synaptic vesicles of neurons called synaptic vesicle protein 2 (SV2) A (SV2A). SV2A belongs to an orphan subfamily of the solute carrier 22 organic ion transporter family that also includes SV2B and SV2C. The molecular basis for how anti-seizure medications act on SV2s remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of SV2A and SV2B captured in a luminal-occluded conformation complexed with anticonvulsant ligands. The conformation bound by anticonvulsants resembles an inhibited transporter with closed luminal and intracellular gates. Anticonvulsants bind to a highly conserved central site in SV2s. These structures provide blueprints for future drug design and will facilitate future investigations into the biological function of SV2s.
履歴
登録2023年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42431.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42431.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 248.832 Å		0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 248.832 Å		0.65 Å/pix.
x 384 pix.
= 248.832 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.648 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.021140268 - 1.9828718
平均 (標準偏差)0.0007726134 (±0.01688258)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 248.832 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42431_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_42431_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_42431_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_42431_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_42431_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein with a nanobody

全体名称: Protein with a nanobody
要素
  • 複合体: Protein with a nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody
  • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
  • リガンド: (4S)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}-4-(4,4,4-trifluorobutyl)pyrrolidin-2-one
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]

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超分子 #1: Protein with a nanobody

超分子名称: Protein with a nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.1 kDa/nm

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分子 #1: Synaptic vesicle glycoprotein 2A

分子名称: Synaptic vesicle glycoprotein 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.589188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGYYRGEGTQ DEEEGGASSD ATEGHDEDDE IYEGEYQGIP RAESGGKGER MADGAPLAGV RGGLSDGEGP PGGRGEAQRR KEREELAQQ YEAILRECGH GRFQWTLYFV LGLALMADGV EVFVVGFVLP SAEKDMCLSD SNKGMLGLIV YLGMMVGAFL W GGLADRLG ...文字列:
MGYYRGEGTQ DEEEGGASSD ATEGHDEDDE IYEGEYQGIP RAESGGKGER MADGAPLAGV RGGLSDGEGP PGGRGEAQRR KEREELAQQ YEAILRECGH GRFQWTLYFV LGLALMADGV EVFVVGFVLP SAEKDMCLSD SNKGMLGLIV YLGMMVGAFL W GGLADRLG RRQCLLISLS VNSVFAFFSS FVQGYGTFLF CRLLSGVGIG GSIPIVFSYF SEFLAQEKRG EHLSWLCMFW MI GGVYAAA MAWAIIPHYG WSFQMGSAYQ FHSWRVFVLV CAFPSVFAIG ALTTQPESPR FFLENGKHDE AWMVLKQVHD TNM RAKGHP ERVFSVTHIK TIHQEDELIE IQSDTGTWYQ RWGVRALSLG GQVWGNFLSC FGPEYRRITL MMMGVWFTMS FSYY GLTVW FPDMIRHLQA VDYASRTKVF PGERVEHVTF NFTLENQIHR GGQYFNDKFI GLRLKSVSFE DSLFEECYFE DVTSS NTFF RNCTFINTVF YNTDLFEYKF VNSRLINSTF LHNKEGCPLD VTGTGEGAYM VYFVSFLGTL AVLPGNIVSA LLMDKI GRL RMLAGSSVMS CVSCFFLSFG NSESAMIALL CLFGGVSIAS WNALDVLTVE LYPSDKRTTA FGFLNALCKL AAVLGIS IF TSFVGITKAA PILFASAALA LGSSLALKLP ETRGQVLQ

UniProtKB: Synaptic vesicle glycoprotein 2A

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分子 #2: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.469103 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGSIFN MRVMGWYRQA PGEQRESVAS MASGDKTTYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVAL QMNSLKPED TAVYYCHAVD LTRNGPRVYW GQGTQVTVSS AAAENLYFQG GSGHHHHHHH HHH

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分子 #5: (4S)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b]...

分子名称: (4S)-1-{[(4S)-2-(methoxymethyl)-6-(trifluoromethyl)imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazol-5-yl]methyl}-4-(4,4,4-trifluorobutyl)pyrrolidin-2-one
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: X49
分子量理論値: 444.395 Da

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分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #7: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]

分子名称: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE] / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PS1
分子量理論値: 566.642 Da
Chemical component information

ChemComp-PS1:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-L-SERINE]

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.38 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 77160
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 250856
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 250856
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3-f1


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8uo9:
Structure of synaptic vesicle protein 2A in complex with a nanobody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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