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万見
- EMDB-4240: Human Bact spliceosome state 8 unmasked -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4240
タイトルHuman Bact spliceosome state 8 unmasked
マップデータ
試料
  • 複合体: human Bact spliceosome state 1 unmasked
機能・相同性
機能・相同性情報


RES complex / post-spliceosomal complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding ...RES complex / post-spliceosomal complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U7 snRNP / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / B-WICH complex / miRNA processing / alternative mRNA splicing, via spliceosome / protein methylation / poly(A) binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / embryonic brain development / U12-type spliceosomal complex / nuclear retinoic acid receptor binding / U1 snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / methylosome / pre-mRNA binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA 3'-end processing / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / blastocyst formation / splicing factor binding / host-mediated activation of viral transcription / P granule / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / snRNP binding / commitment complex / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / oocyte development / telomerase holoenzyme complex / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Notch binding / RUNX3 regulates NOTCH signaling / telomerase RNA binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / nuclear vitamin D receptor binding / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / U1 snRNP / SAGA complex / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2 snRNP / U4 snRNP / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / RHOBTB1 GTPase cycle / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of neurogenesis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / inner cell mass cell proliferation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / precatalytic spliceosome / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / lipid biosynthetic process / WD40-repeat domain binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / SMAD binding / mRNA 3'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNP / U5 snRNA binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / blastocyst development / pre-mRNA intronic binding
類似検索 - 分子機能
: / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family ...: / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / : / Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / : / RBM22 CCCH zinc finger domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / : / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / SF3B6, RNA recognition motif / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Helix hairpin bin domain superfamily / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / : / : / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / BUD31/G10-related, conserved site / U-box domain / G10 protein signature 1. / : / : / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / Splicing factor 3B, subunit 5 / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Splicing factor 3B subunit 1 / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / Splicing factor 3B subunit 1 / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Zinc-finger of C2H2 type / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3A subunit 2 / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Spliceosome-associated protein CWC27 homolog / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / Smad nuclear-interacting protein 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / BUD13 homolog / Splicing factor 3B subunit 5 / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / RNA-binding motif protein, X-linked 2 / Splicing factor 3B subunit 6 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Haselbach D / Komarov I / Agafonov D / Kastner B / Luehrmann R / Stark H
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Conformational Dynamics of the Human Spliceosomal B Complex.
著者: David Haselbach / Ilya Komarov / Dmitry E Agafonov / Klaus Hartmuth / Benjamin Graf / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Reinhard Lührmann / Holger Stark /
要旨: The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In ...The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In the B state, the spliceosome is activated but not catalytically primed, so that it is functionally blocked prior to the first catalytic step of splicing. The spliceosomal core is similar to the yeast B spliceosome; important differences include the presence of the RNA helicase aquarius and peptidyl prolyl isomerases. To examine the overall dynamic behavior of the purified spliceosome, we developed a principal component analysis-based approach. Calculating the energy landscape revealed eight major conformational states, which we refined to higher resolution. Conformational differences of the highly flexible structural components between these eight states reveal how spliceosomal components contribute to the assembly of the spliceosome, allowing it to generate a dynamic interaction network required for its subsequent catalytic activation.
履歴
登録2017年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月7日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2018年2月7日-
現状2018年2月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ff7
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4240.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 420 pix.
= 487.2 Å		1.16 Å/pix.
x 420 pix.
= 487.2 Å		1.16 Å/pix.
x 420 pix.
= 487.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.014408626 - 0.06181489
平均 (標準偏差)0.00064544595 (±0.004007307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 487.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z487.200487.200487.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0140.0620.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Bact spliceosome state 1 unmasked

全体名称: human Bact spliceosome state 1 unmasked
要素
  • 複合体: human Bact spliceosome state 1 unmasked

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超分子 #1: human Bact spliceosome state 1 unmasked

超分子名称: human Bact spliceosome state 1 unmasked / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HELA
分子量理論値: 4.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
1.5 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot with blotting sensor.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Coma free - Residual tilt: 14.0 mrad
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector with two hexapoles elements
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 32000 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3300000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 165853
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 220 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ff7:
human Bact spliceosome core structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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