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- EMDB-41792: In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10:... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41792
タイトルIn situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution
マップデータ
試料
  • ウイルス: Salmonella phage P22 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Packaged DNA stabilization protein gp10
    • タンパク質・ペプチド: Tail spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan hydrolase gp4
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
キーワードphage / bacteriophage / tail spike protein / TSP / gene product 9 (gp9) / Packaged DNA stabilization protein / gene product 10 (gp10) / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN / head-to-tail protein / gene product 4 (gp4) / Tail hub protein / gene product (1) / Portal protein / Coat protein / Major capsid protein / gene product 5 (gp5)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome packaging, headful / endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / viral portal complex / viral procapsid / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral procapsid maturation / viral DNA genome packaging ...viral DNA genome packaging, headful / endo-1,3-alpha-L-rhamnosidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope lipopolysaccharide / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / viral portal complex / viral procapsid / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral procapsid maturation / viral DNA genome packaging / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / virus tail / T=7 icosahedral viral capsid / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / virion assembly / viral capsid / hydrolase activity / virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tail accessory factor GP4 / Phage P22-like portal protein / Peptidoglycan hydrolase Gp4 superfamily / P22 tail accessory factor / Phage P22-like portal protein / Major capsid protein Gp5 / P22 coat protein - gene protein 5 / P22 tailspike C-terminal domain / Salmonella phage P22 tail-spike / Bacteriophage P22, Gp10, DNA-stabilising ...Tail accessory factor GP4 / Phage P22-like portal protein / Peptidoglycan hydrolase Gp4 superfamily / P22 tail accessory factor / Phage P22-like portal protein / Major capsid protein Gp5 / P22 coat protein - gene protein 5 / P22 tailspike C-terminal domain / Salmonella phage P22 tail-spike / Bacteriophage P22, Gp10, DNA-stabilising / Phage stabilisation protein / Bacteriophage P22 tailspike, N-terminal / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain superfamily / Head binding / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail spike protein / Portal protein / Peptidoglycan hydrolase gp4 / Major capsid protein / Packaged DNA stabilization protein gp10
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Iglesias S / Feng-Hou C / Cingolani G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140733 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular Architecture of Salmonella Typhimurium Virus P22 Genome Ejection Machinery.
著者: Stephano M Iglesias / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Fenglin Li / Daniel P Yeggoni / Chun-Feng David Hou / Makayla N Leroux / Juliana R Cortines / Justin C Leavitt / Mary Bird / Sherwood R ...著者: Stephano M Iglesias / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Fenglin Li / Daniel P Yeggoni / Chun-Feng David Hou / Makayla N Leroux / Juliana R Cortines / Justin C Leavitt / Mary Bird / Sherwood R Casjens / Simon White / Carolyn M Teschke / Gino Cingolani /
要旨: Bacteriophage P22 is a prototypical member of the Podoviridae superfamily. Since its discovery in 1952, P22 has become a paradigm for phage transduction and a model for icosahedral viral capsid ...Bacteriophage P22 is a prototypical member of the Podoviridae superfamily. Since its discovery in 1952, P22 has become a paradigm for phage transduction and a model for icosahedral viral capsid assembly. Here, we describe the complete architecture of the P22 tail apparatus (gp1, gp4, gp10, gp9, and gp26) and the potential location and organization of P22 ejection proteins (gp7, gp20, and gp16), determined using cryo-EM localized reconstruction, genetic knockouts, and biochemical analysis. We found that the tail apparatus exists in two equivalent conformations, rotated by ∼6° relative to the capsid. Portal protomers make unique contacts with coat subunits in both conformations, explaining the 12:5 symmetry mismatch. The tail assembles around the hexameric tail hub (gp10), which folds into an interrupted β-propeller characterized by an apical insertion domain. The tail hub connects proximally to the dodecameric portal protein and head-to-tail adapter (gp4), distally to the trimeric tail needle (gp26), and laterally to six trimeric tailspikes (gp9) that attach asymmetrically to gp10 insertion domain. Cryo-EM analysis of P22 mutants lacking the ejection proteins gp7 or gp20 and biochemical analysis of purified recombinant proteins suggest that gp7 and gp20 form a molecular complex associated with the tail apparatus via the portal protein barrel. We identified a putative signal transduction pathway from the tailspike to the tail needle, mediated by three flexible loops in the tail hub, that explains how lipopolysaccharide (LPS) is sufficient to trigger the ejection of the P22 DNA in vitro.
履歴
登録2023年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.17 Å/pix.
x 440 pix.
= 512.96 Å		1.17 Å/pix.
x 440 pix.
= 512.96 Å		1.17 Å/pix.
x 440 pix.
= 512.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16582 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-16.094856 - 23.428084999999999
平均 (標準偏差)0.000000000002128 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 512.9599 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41792_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41792_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41792_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Salmonella phage P22

全体名称: Salmonella phage P22 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Salmonella phage P22 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Packaged DNA stabilization protein gp10
    • タンパク質・ペプチド: Tail spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan hydrolase gp4
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein

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超分子 #1: Salmonella phage P22

超分子名称: Salmonella phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2908168 / 生物種: Salmonella phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)

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分子 #1: Packaged DNA stabilization protein gp10

分子名称: Packaged DNA stabilization protein gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
分子量理論値: 52.51202 KDa
配列文字列: MPIQQLPMMK GMGKDFKNAD YIDYLPVNML ATPKEILNSS GYLRSFPGIT KRYDMNGVSR GVEYNTAQNA VYRVCGGKLY KGESEVGDV AGSGRVSMAH GRTSQAVGVN GQLVEYRYDG TVKTVSNWPA DSGFTQYELG SVRDITRLRG RYAWSKDGTD S WFITDLED ...文字列:
MPIQQLPMMK GMGKDFKNAD YIDYLPVNML ATPKEILNSS GYLRSFPGIT KRYDMNGVSR GVEYNTAQNA VYRVCGGKLY KGESEVGDV AGSGRVSMAH GRTSQAVGVN GQLVEYRYDG TVKTVSNWPA DSGFTQYELG SVRDITRLRG RYAWSKDGTD S WFITDLED ESHPDRYSAQ YRAESQPDGI IGIGTWRDFI VCFGSSTIEY FSLTGATTAG AALYVAQPSL MVQKGIAGTY CK TPFADSY AFISHPATGA PSVYIIGSGQ ASPIATASIE KIIRSYTAEE MATGVMETLR FDSHELLIIH LPRHVLVYDA SSS QNGPQW CVLKTGLYDD VYRGVDFMYE GNQITCGDKS EAVVGQLQFD ISSQYDKQQE HLLFTPLFKA DNARCFDLEV ESST GVAQY ADRLFLSATT DGINYGREQM IEQNEPFVYD KRVLWKRVGR IRRLIGFKLR VITKSPVTLS GCQIRLE

UniProtKB: Packaged DNA stabilization protein gp10

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分子 #2: Tail spike protein

分子名称: Tail spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
分子量理論値: 71.923523 KDa
配列文字列: MTDITANVVV SNPRPIFTES RSFKAVANGK IYIGQIDTDP VNPANQIPVY IENEDGSHVQ ITQPLIINAA GKIVYNGQLV KIVTVQGHS MAIYDANGSQ VDYIANVLKY DPDQYSIEAD KKFKYSVKLS DYPTLQDAAS AAVDGLLIDR DYNFYGGETV D FGGKVLTI ...文字列:
MTDITANVVV SNPRPIFTES RSFKAVANGK IYIGQIDTDP VNPANQIPVY IENEDGSHVQ ITQPLIINAA GKIVYNGQLV KIVTVQGHS MAIYDANGSQ VDYIANVLKY DPDQYSIEAD KKFKYSVKLS DYPTLQDAAS AAVDGLLIDR DYNFYGGETV D FGGKVLTI ECKAKFIGDG NLIFTKLGKG SRIAGVFMES TTTPWVIKPW TDDNQWLTDA AAVVATLKQS KTDGYQPTVS DY VKFPGIE TLLPPNAKGQ NITSTLEIRE CIGVEVHRAS GLMAGFLFRG CHFCKMVDAN NPSGGKDGII TFENLSGDWG KGN YVIGGR TSYGSVSSAQ FLRNNGGFER DGGVIGFTSY RAGESGVKTW QGTVGSTTSR NYNLQFRDSV VIYPVWDGFD LGAD TDMNP ELDRPGDYPI TQYPLHQLPL NHLIDNLLVR GALGVGFGMD GKGMYVSNIT VEDCAGSGAY LLTHESVFTN IAIID TNTK DFQANQIYIS GACRVNGLRL IGIRSTDGQG LTIDAPNSTV SGITGMVDPS RINVANLAEE GLGNIRANSF GYDSAA IKL RIHKLSKTLD SGALYSHING GAGSGSAYTQ LTAISGSTPD AVSLKVNHKD CRGAEIPFVP DIASDDFIKD SSCFLPY WE NNSTSLKALV KKPNGELVRL TLATL

UniProtKB: Tail spike protein

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分子 #3: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
分子量理論値: 82.829375 KDa
配列文字列: MADNENRLES ILSRFDADWT ASDEARREAK NDLFFSRVSQ WDDWLSQYTT LQYRGQFDVV RPVVRKLVSE MRQNPIDVLY RPKDGARPD AADVLMGMYR TDMRHNTAKI AVNIAVREQI EAGVGAWRLV TDYEDQSPTS NNQVIRREPI HSACSHVIWD S NSKLMDKS ...文字列:
MADNENRLES ILSRFDADWT ASDEARREAK NDLFFSRVSQ WDDWLSQYTT LQYRGQFDVV RPVVRKLVSE MRQNPIDVLY RPKDGARPD AADVLMGMYR TDMRHNTAKI AVNIAVREQI EAGVGAWRLV TDYEDQSPTS NNQVIRREPI HSACSHVIWD S NSKLMDKS DARHCTVIHS MSQNGWEDFA EKYDLDADDI PSFQNPNDWV FPWLTQDTIQ IAEFYEVVEK KETAFIYQDP VT GEPVSYF KRDIKDVIDD LADSGFIKIA ERQIKRRRVY KSIITCTAVL KDKQLIAGEH IPIVPVFGEW GFVEDKEVYE GVV RLTKDG QRLRNMIMSF NADIVARTPK KKPFFWPEQI AGFEHMYDGN DDYPYYLLNR TDENSGDLPT QPLAYYENPE VPQA NAYML EAATSAVKEV ATLGVDTEAV NGGQVAFDTV NQLNMRADLE TYVFQDNLAT AMRRDGEIYQ SIVNDIYDVP RNVTI TLED GSEKDVQLMA EVVDLATGEK QVLNDIRGRY ECYTDVGPSF QSMKQQNRAE ILELLGKTPQ GTPEYQLLLL QYFTLL DGK GVEMMRDYAN KQLIQMGVKK PETPEEQQWL VEAQQAKQGQ QDPAMVQAQG VLLQGQAELA KAQNQTLSLQ IDAAKVE AQ NQLNAARIAE IFNNMDLSKQ SEFREFLKTV ASFQQDRSED ARANAELLLK GDEQTHKQRM DIANILQSQR QNQPSGSV A ETPQ

UniProtKB: Portal protein

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分子 #4: Peptidoglycan hydrolase gp4

分子名称: Peptidoglycan hydrolase gp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
分子量理論値: 18.044959 KDa
配列文字列:
MQIKTKGDLV RAALRKLGVA SDATLTDVEP QSMQDAVDDL EAMMAEWYQD GKGIITGYVF SDDENPPAEG DDHGLRSSAV SAVFHNLAC RIAPDYALEA TAKIIATAKY GKELLYKQTA ISRAKRAPYP SRMPTGSGNS FANLNEWHYF PGEQNADSTT P HDEGNG

UniProtKB: Peptidoglycan hydrolase gp4

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分子 #5: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage P22 (ファージ)
分子量理論値: 46.795613 KDa
配列文字列: MALNEGQIVT LAVDEIIETI SAITPMAQKA KKYTPPAASM QRSSNTIWMP VEQESPTQEG WDLTDKATGL LELNVAVNMG EPDNDFFQL RADDLRDETA YRRRIQSAAR KLANNVELKV ANMAAEMGSL VITSPDAIGT NTADAWNFVA DAEEIMFSRE L NRDMGTSY ...文字列:
MALNEGQIVT LAVDEIIETI SAITPMAQKA KKYTPPAASM QRSSNTIWMP VEQESPTQEG WDLTDKATGL LELNVAVNMG EPDNDFFQL RADDLRDETA YRRRIQSAAR KLANNVELKV ANMAAEMGSL VITSPDAIGT NTADAWNFVA DAEEIMFSRE L NRDMGTSY FFNPQDYKKA GYDLTKRDIF GRIPEEAYRD GTIQRQVAGF DDVLRSPKLP VLTKSTATGI TVSGAQSFKP VA WQLDNDG NKVNVDNRFA TVTLSATTGM KRGDKISFAG VKFLGQMAKN VLAQDATFSV VRVVDGTHVE ITPKPVALDD VSL SPEQRA YANVNTSLAD AMAVNILNVK DARTNVFWAD DAIRIVSQPI PANHELFAGM KTTSFSIPDV GLNGIFATQG DIST LSGLC RIALWYGVNA TRPEAIGVGL PGQTA

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 平均電子線量: 1.08 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 17944
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8u11:
In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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