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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41454 | |||||||||
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タイトル | nhTMEM16 lipid scramblase in lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold protein in the presence of Ca2+ (open state) | |||||||||
マップデータ | Primary map used for model building | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / lipid scramblase / TMEM16 / lipid transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Feng Z / Accardi A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of closed groove scrambling by a TMEM16 protein. 著者: Zhang Feng / Omar E Alvarenga / Alessio Accardi / 要旨: Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by ...Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by deforming the membrane near a hydrophilic groove and that Ca dependence arises from the different association of lipids with an open or closed groove. However, the molecular rearrangements underlying groove opening and how lipids reorganize outside the closed groove remain unknown. Here we directly visualize how lipids associate at the closed groove of Ca-bound fungal nhTMEM16 in nanodiscs using cryo-EM. Functional experiments pinpoint lipid-protein interaction sites critical for closed groove scrambling. Structural and functional analyses suggest groove opening entails the sequential appearance of two π-helical turns in the groove-lining TM6 helix and identify critical rearrangements. Finally, we show that the choice of scaffold protein and lipids affects the conformations of nhTMEM16 and their distribution, highlighting a key role of these factors in cryo-EM structure determination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41454.map.gz | 6.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41454-v30.xml emd-41454.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41454_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41454.png | 98.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41454.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_41454_half_map_1.map.gz emd_41454_half_map_2.map.gz | 79 MB 79 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41454 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41454 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41454_validation.pdf.gz | 721.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41454_full_validation.pdf.gz | 721.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41454_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41454_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41454 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41454 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tokMC 8toiC 8tolC 8tpmC 8tpnC 8tpoC 8tppC 8tpqC 8tprC 8tpsC 8tptC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Primary map used for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_41454_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_41454_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric lipid scramblase nhTMEM16
全体 | 名称: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16
超分子 | 名称: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) |
-分子 #1: Lipid scramblase nhTMEM16
分子 | 名称: Lipid scramblase nhTMEM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) |
分子量 | 理論値: 83.294062 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: GPSNLKDFSQ PGSGQESNFG VDFVIHYKVP AAERDEAEAG FVQLIRALTT VGLATEVRHG ENESLLVFVK VASPDLFAKQ VYRARLGDW LHGVRVSAPH NDIAQALQDE PVVEAERLRL IYLMITKPHN EGGAGVTPTN AKWKHVESIF PLHSHSFNKE W IKKWSSKY ...文字列: GPSNLKDFSQ PGSGQESNFG VDFVIHYKVP AAERDEAEAG FVQLIRALTT VGLATEVRHG ENESLLVFVK VASPDLFAKQ VYRARLGDW LHGVRVSAPH NDIAQALQDE PVVEAERLRL IYLMITKPHN EGGAGVTPTN AKWKHVESIF PLHSHSFNKE W IKKWSSKY TLEQTDIDNI RDKFGESVAF YFAFLRSYFR FLVIPSAFGF GAWLLLGQFS YLYALLCGLW SVVFFEYWKK QE VDLAVQW GVRGVSSIQQ SRPEFEWEHE AEDPITGEPV KVYPPMKRVK TQLLQIPFAL ACVVALGALI VTCNSLEVFI NEV YSGPGK QYLGFLPTIF LVIGTPTISG VLMGAAEKLN AMENYATVDA HDAALIQKQF VLNFMTSYMA LFFTAFVYIP FGHI LHPFL NFWRATAQTL TFSEKELPTR EFQINPARIS NQMFYFTVTA QIVNFATEVV VPYIKQQAFQ KAKQLKSGSK VQEDH EEEA EFLQRVREEC TLEEYDVSGD YREMVMQFGY VAMFSVAWPL AACCFLVNNW VELRSDALKI AISSRRPIPW RTDSIG PWL TALSFLSWLG SITSSAIVYL CSNSKNGTQG EASPLKAWGL LLSILFAEHF YLVVQLAVRF VLSKLDSPGL QKERKER FQ TKKRLLQENL GQDAAEEAAA PGIEHSEKIT REALEEEARQ ASIRGHGTPE EMFWQRQRGM QETIEIGRRM IEQQLAAG K NGKKSAPAVP SEKASA UniProtKB: Plasma membrane channel protein |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 9493 / 平均露光時間: 3.4 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |