+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tpq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | nhTMEM16 A444P mutant in lipid nanodiscs with MSP1E3 scaffold protein in the presence of Ca2+ (long TM6) | ||||||
要素 | Lipid scramblase nhTMEM16 | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / membrane protein (膜タンパク質) / lipid scramblase / TMEM16 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, Z. / Accardi, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of closed groove scrambling by a TMEM16 protein. 著者: Zhang Feng / Omar E Alvarenga / Alessio Accardi / 要旨: Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by ...Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by deforming the membrane near a hydrophilic groove and that Ca dependence arises from the different association of lipids with an open or closed groove. However, the molecular rearrangements underlying groove opening and how lipids reorganize outside the closed groove remain unknown. Here we directly visualize how lipids associate at the closed groove of Ca-bound fungal nhTMEM16 in nanodiscs using cryo-EM. Functional experiments pinpoint lipid-protein interaction sites critical for closed groove scrambling. Structural and functional analyses suggest groove opening entails the sequential appearance of two π-helical turns in the groove-lining TM6 helix and identify critical rearrangements. Finally, we show that the choice of scaffold protein and lipids affects the conformations of nhTMEM16 and their distribution, highlighting a key role of these factors in cryo-EM structure determination. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tpq.cif.gz | 240.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8tpq.ent.gz | 186 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tpq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/8tpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/8tpq | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 41481MC 8toiC 8tokC 8tolC 8tpmC 8tpnC 8tpoC 8tppC 8tprC 8tpsC 8tptC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83320.094 Da / 分子数: 2 / 変異: A444P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) / 遺伝子: NECHADRAFT_66456 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: C7Z7K1 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-PGW / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 59.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 11976 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4885672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5199 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6QM9 Accession code: 6QM9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |