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- PDB-8tpn: nhTMEM16 lipid scramblase in lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tpn
タイトルnhTMEM16 lipid scramblase in lipid nanodiscs with MSP2N2 scaffold protein in the presence of Ca2+ (intermediate state)
要素Lipid scramblase nhTMEM16
キーワードLIPID TRANSPORT / membrane protein / lipid scramblase / TMEM16
機能・相同性
機能・相同性情報


cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-beta plait domain in TMEM16 lipid scramblase / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma membrane channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.07 Å
データ登録者Feng, Z. / Accardi, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106717 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of closed groove scrambling by a TMEM16 protein.
著者: Zhang Feng / Omar E Alvarenga / Alessio Accardi /
要旨: Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by ...Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by deforming the membrane near a hydrophilic groove and that Ca dependence arises from the different association of lipids with an open or closed groove. However, the molecular rearrangements underlying groove opening and how lipids reorganize outside the closed groove remain unknown. Here we directly visualize how lipids associate at the closed groove of Ca-bound fungal nhTMEM16 in nanodiscs using cryo-EM. Functional experiments pinpoint lipid-protein interaction sites critical for closed groove scrambling. Structural and functional analyses suggest groove opening entails the sequential appearance of two π-helical turns in the groove-lining TM6 helix and identify critical rearrangements. Finally, we show that the choice of scaffold protein and lipids affects the conformations of nhTMEM16 and their distribution, highlighting a key role of these factors in cryo-EM structure determination.
履歴
登録2023年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid scramblase nhTMEM16
B: Lipid scramblase nhTMEM16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7486
ポリマ－166,5882
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Lipid scramblase nhTMEM16


分子量: 83294.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) / 遺伝子: NECHADRAFT_66456 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: C7Z7K1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris1
2150 mMKCl1
30.5 mMCaCl21
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 9493
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.0粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION4.0.0CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION4.0.0初期オイラー角割当
10RELION4.0.0最終オイラー角割当
11RELION4.0.0分類
12RELION4.0.0３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1948732
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61965 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6QMA

6qma


Accession code: 6QMA / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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